improve typesetting, less hyphenation...

.github/workflows/coverage.yaml

@@ -54,6 +54,13 @@ jobs:
           key: ${{ runner.os }}-${{ hashFiles('.github/R-version') }}-1-${{ hashFiles('.github/depends.Rds') }}
           restore-keys: ${{ runner.os }}-${{ hashFiles('.github/R-version') }}-1-
 
+      - name: Install system dependencies
+        run: |
+          while read -r cmd
+          do
+            eval sudo $cmd
+          done < <(Rscript -e 'writeLines(remotes::system_requirements("ubuntu", "20.04"))')
+
       - name: Install dependencies
         run: |
           install.packages(c("remotes"))

.github/workflows/lint.yaml

@@ -21,7 +21,7 @@ jobs:
       - name: Install unmet sys deps
         run: |
           sudo apt update
-          sudo apt install -y --no-install-recommends libcurl4-openssl-dev libgit2-dev
+          sudo apt install -y --no-install-recommends libcurl4-openssl-dev libgit2-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev
 
       - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
 
@@ -39,6 +39,13 @@ jobs:
           key: ${{ runner.os }}-${{ hashFiles('.github/R-version') }}-1-${{ hashFiles('.github/depends.Rds') }}
           restore-keys: ${{ runner.os }}-${{ hashFiles('.github/R-version') }}-1-
 
+      - name: Install system dependencies
+        run: |
+          while read -r cmd
+          do
+            eval sudo $cmd
+          done < <(Rscript -e 'writeLines(remotes::system_requirements("ubuntu", "20.04"))')
+
       - name: Install dependencies
         run: |
           install.packages(c("remotes", "devtools"))

NEWS.md

@@ -1,5 +1,6 @@
 # rapbase 1.23.0
 
+* Added latex package microtype to to report template to for better printing and less hyphenation in pdf reports ([#123](https://github.com/Rapporteket/rapbase/pull/123)) 
 * Added database as an optional log backend and function for (scheduled) clean of logs ([#112](https://github.com/Rapporteket/rapbase/pull/112))
 * For logging to a database backend format set to json ([#120](https://github.com/Rapporteket/rapbase/pull/120))
 * Reorganized and consolidated R files, removed deprecated and unused function and applied minor fixes to function flaws ([#121](https://github.com/Rapporteket/rapbase/pull/121))

R/autoReport.R

@@ -607,7 +607,7 @@ findNextRunDate <- function(runDayOfYear,
   }
 
   # special case if out of max range and only one run day defined (yearly)
-  if (baseDayNum >= max(runDayOfYear) | length(runDayOfYear) == 1) {
+  if (baseDayNum >= max(runDayOfYear) || length(runDayOfYear) == 1) {
     # next run will be first run in day num vector
     nextDayNum <- min(runDayOfYear)
   } else {

R/dbConnection.R

@@ -33,8 +33,7 @@ rapOpenDbConnection <- function(registryName, dbType = "mysql") {
     )
     # ensure utf8 encoding
     invisible(DBI::dbExecute(con, "SET NAMES utf8;"))
-  }
-  else if (dbType == "mssql") {
+  } else if (dbType == "mssql") {
     stop("Use of MSSQL is no longer supported. Exiting")
   }
 

R/fireInTheHole.R

@@ -25,7 +25,7 @@ fireInTheHole <- function(flipPeriod = FALSE) {
   hour <- as.POSIXlt(Sys.time())$hour
   conf <- getConfig(fileName = "rapbaseConfig.yml")
 
-  if (hour >= conf$r$schedule$nocturnal$startHour &
+  if (hour >= conf$r$schedule$nocturnal$startHour &&
       hour < conf$r$schedule$nocturnal$endHour) {
     night <- TRUE
   } else {

R/userAttribute.R

@@ -99,7 +99,7 @@ userInfo <- function(entity, shinySession = NULL, devContexts = c("DEV"),
     phone <- d$phone
   }
 
-  if (context %in% testContexts | context %in% prodContexts) {
+  if (context %in% testContexts || context %in% prodContexts) {
     if (is.null(shinySession)) {
       stop("Session information is empty!. Cannot do anything")
     }

inst/autoReportGuide.Rmd

@@ -11,7 +11,7 @@ date: '`r format(Sys.time(), "%d. %B %Y")`'
 
 ## Veiledning
 ```{r, echo=FALSE, results='asis'}
-if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
+if (params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
   cat(paste("Her kan det settes opp rutinemessig produksjon og utsending av",
             "resultater til én eller flere mottakere per epost."))
 } else {
@@ -25,7 +25,7 @@ Fra menyen til venstre
 
 1. hvis aktuelt, velg filformatet `r shiny::icon("file-pdf")` på rapporten,
 ```{r, echo=FALSE, results='asis'}
-if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
+if (params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
   t <- shiny::HTML("1. angi datakilden",
                    as.character(shiny::icon("database")),
                    "som skal benyttes,")
@@ -36,7 +36,7 @@ if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
 1. velg hvor hyppig `r shiny::icon("clock")` rapporten skal sendes ut,
 1. om nødvendig, endre dato for første utsending `r shiny::icon("calendar")`
 ```{r, echo=FALSE, results='asis'}
-if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
+if (params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
   t <- shiny::HTML("1. angi epostadresse",
                    as.character(shiny::icon("at")),
                    "til mottaker av rapporten og trykk",
@@ -49,7 +49,7 @@ if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
 
 Når alt er klart trykk `r shiny::icon("save")` for å aktivere utsendingen. Oppføringen vil da vises i tabellen. Trykk `r shiny::icon("trash")` til høyre i tabellen for å slette en utsending. Aktive utsendinger kan endres ved å trykke på `r shiny::icon("edit")` til høyre i tabellen. Utsendingen vil da slettes og flyttes over i menyen til venstre.
 ```{r, echo=FALSE, results='asis'}
-if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
+if (params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
   cat(paste("Ved etablering eller endring av en utsending kan mottakere",
             "slettes ved å angi aktuell epostadresse og trykke på",
             as.character(shiny::icon("minus-square"))))
@@ -58,7 +58,7 @@ if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
 
 
 ```{r, echo=FALSE, results='asis'}
-if(params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
+if (params$type %in% c("dispatchment", "bulletin")) {
   cat(paste("### Lurt å tenke over\n",
             "Alle utsendinger skjer per epost og det betyr at rapportene som",
             "sendes ut __ikke__ skal inneholde person- og helseopplysninger.",

inst/statsGuide.Rmd

@@ -64,4 +64,4 @@ Tekst som angir (R) konteksten for _call_. Verdien "R_GlobalEnv" betyr i praksis
 
 
 ## Ytterligerer informasjon
-Ved behov for ytterligere informasjon bør man i første omgang ta kontakt med egen statistiker, altså den eller de som er sanvarlig for utvikling av registerets innhold på Rapporteket. [SKDE](mailto:rapporteket@helse-nord.no) kan i mange tilfeller også bistå om nødvendig.
+Ved behov for ytterligere informasjon bør man i første omgang ta kontakt med egen statistiker, altså den eller de som er sanvarlig for utvikling av registerets innhold på Rapporteket. [SKDE](mailto:rapporteket@helse-nord.no) kan i mange tilfeller også bistå om nødvendig.

inst/template/default.latex

@@ -26,6 +26,9 @@
             marginparsep=2em%
             ]{geometry}
 
+% Unngå ord-deling
+\usepackage{microtype}
+
 % Oppsett av fonter
 \usepackage[defaultsans]{lato}
 \renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}