Klar for rask prodsetting

DESCRIPTION

@@ -47,4 +47,4 @@ Suggests:
     RMariaDB
 Encoding: UTF-8
 LazyData: true
-RoxygenNote: 7.1.2
+RoxygenNote: 7.2.1

NAMESPACE

@@ -12,10 +12,11 @@ export(getHospitalName)
 export(getLocalYears)
 export(getNameReshId)
 export(getRegDataIndikator)
-export(getRegDataOpiodReduksjon)
 export(getRegDataLokalTilsynsrapportMaaned)
+export(getRegDataOpiodReduksjon)
 export(getRegDataRapportDekningsgrad)
 export(getRegDataRapportDekningsgradReservasjon)
+export(getRegDataRapportOppfolg)
 export(getRegDataSmertekategori)
 export(getRegDataSpinalkateter)
 export(getSmerteDiagKatValueLab)

R/GetRegData.R

@@ -50,6 +50,7 @@ SELECT
   var.AntTilsFysioT,
   var.AntTilsPsyk,
   var.AntTilsSosio,
+  var.AntTilsKonfLege,
   var.AntPasTils,
   var.Tilsett,
   var.RegDato11,
@@ -67,9 +68,9 @@ LEFT JOIN
 ON
   avd.DEPARTMENT_ID = var.InnlAvd
 WHERE
-  var.RegDato11 >= DATE('"
+  var.StartdatoTO >= DATE('"
 
-  query <- paste0(query, startDate, "') AND var.RegDato11 <= DATE('",
+  query <- paste0(query, startDate, "') AND var.StartdatoTO <= DATE('",
                   endDate, "') AND var.AvdRESH IN (", deps, ");")
 
 
@@ -199,7 +200,7 @@ SELECT
 FROM
   AlleVarNum var
 WHERE
-  var.RegDato11>=DATE('", startDate, "') AND var.RegDato11<=DATE('", endDate, "')"
+  var.StartdatoTO>=DATE('", startDate, "') AND var.StartdatoTO<=DATE('", endDate, "')"
   )
 
   if (isNationalReg(reshId)) {
@@ -239,7 +240,7 @@ SELECT
 FROM
   AlleVarNum var
 WHERE
-  var.RegDato11>=DATE('", startDate, "') AND var.RegDato11<=DATE('", endDate, "')"
+  var.StartdatoTO>=DATE('", startDate, "') AND var.StartdatoTO<=DATE('", endDate, "')"
   )
 
   if (isNationalReg(reshId)) {
@@ -341,6 +342,9 @@ getRegDataSpinalkateter <- function(registryName, reshId, userRole,
 SELECT
   MoEkvivalens,
   MoEkvivalens22,
+  Opbehd221d,
+  LAbehd221d,
+  KoAbedel221d,
   AntPasTils,
   AntTilsLege,
   AntTilsSykPleier,
@@ -358,6 +362,7 @@ SELECT
   SvSmRo12,
   SvSmRo21,
   SAB11,
+  SA,
   PasientID,
   TotTid,
   SluttDato
@@ -381,6 +386,58 @@ WHERE
   rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType)
 }
 
+#' @rdname getRegData
+#' @export
+getRegDataRapportOppfolg <- function(registryName, reshId, userRole,
+                                startDate, endDate, ...) {
+
+  dbType <- "mysql"
+
+  # special case at OUS
+  deps <- .getDeps(reshId, userRole)
+
+  query <- paste0("
+SELECT
+  var.Tilsett,
+  var.RegDato11,
+  var.StartdatoTO,
+  var.HenvistDato,
+  var.SykehusNavn,
+  var.OppfSmeKl,
+  var.PasientID,
+  var.ForlopsID,
+  var.InnlAvd,
+  var.VidereOppf,
+  avd.DEPARTMENT_ID,
+  avd.DEPARTMENT_NAME,
+  avd.DEPARTMENT_SHORTNAME
+FROM
+  AlleVarNum var
+LEFT JOIN
+  avdelingsoversikt avd
+ON
+  avd.DEPARTMENT_ID = var.InnlAvd
+WHERE
+  var.StartdatoTO>=DATE('", startDate, "') AND var.StartdatoTO<=DATE('", endDate, "')"
+  )
+
+  if (isNationalReg(reshId)) {
+    query <- paste0(query, ";")
+  } else {
+    query <- paste0(query, " AND var.AvdRESH IN (", deps, ");")
+  }
+
+  if ("session" %in% names(list(...))) {
+    session <- list(...)[["session"]]
+    if ("ShinySession" %in% attr(session, "class")) {
+      rapbase::repLogger(session = session,
+                         msg = paste("Load indikatorrapport data from",
+                                     registryName, ": ", query))
+    }
+  }
+
+  rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType)
+}
 
 #' @rdname getRegData
 #' @export
@@ -392,13 +449,13 @@ getLocalYears <- function(registryName, reshId, userRole) {
 
   query <- paste0("
 SELECT
-  YEAR(RegDato11) as year
+  YEAR(StartdatoTO) as year
 FROM
   AlleVarNum
 WHERE
   AvdRESH IN (", deps, ")
 GROUP BY
-  YEAR(RegDato11);
+  YEAR(StartdatoTO);
 ")
 
   rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType)
@@ -412,11 +469,11 @@ getAllYears <- function(registryName, reshId, userRole) {
 
   query <- paste0("
 SELECT
-  YEAR(RegDato11) as year
+  YEAR(StartdatoTO) as year
 FROM
   AlleVarNum
 GROUP BY
-  YEAR(RegDato11);
+  YEAR(StartdatoTO);
 ")
 
   rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType)

inst/LokalIndikatorMaaned.Rmd

@@ -929,7 +929,7 @@ Antall forløp som har fått tilsyn av minst én profesjon og hvor det er krysse
 
 Antall av disse forløpene hvor det er angitt NRS ved (minst) første tilsyn er `r ant_utvalg21`, mens det tilsvarende antall for (minst) siste tilsyn er `r ant_utvalg22`.
 
-Figuren under viser hvordan andelen forløp med minst ett tilsyn hvor det har blitt angitt NRS to ganger har fordelt seg i løpet av året.
+Figuren under viser hvordan andelen forløp med minst ett tilsyn hvor det har blitt angitt NRS to ganger har fordelt seg i løpet av året. Tallgrunnlaget er her basert på følgende. Teller: alle forløp der NRS har blitt angitt to ganger. Nevner: alle forløp der det ikke er svart 'nei' eller 'ikke aktuelt' på å angi NRS.
 
 ```{r kvalNRSfig, warning = FALSE, message=FALSE, results='asis', fig.pos= "H", out.extra = '', fig.align='center', out.width='100%'}
 
@@ -942,7 +942,10 @@ dat$med <- 0
     {dat$med[i] = 1}
    }
 
-plotnrs<- dat %>% 
+nrsplotdat <- dat %>%
+  dplyr::filter(Tilsett == 1 & AngiNRS12 %in% c('1','3') & AngiNRS21 %in% c('1','3'))
+
+plotnrs<- nrsplotdat %>% 
   dplyr::group_by(month = monthname, med) %>%
   dplyr::summarise(n = dplyr::n()) %>%
   dplyr::mutate(freq = n/sum(n)) %>%

inst/LokalOppfolg.Rmd

@@ -0,0 +1,149 @@
+---
+params:
+  title: 'Oppfølging ved smerteklinikk'
+  author: 'Rapporteket'
+  hospitalName: 'Ukjent sykehus'
+  reshId: 'locallyDefined'
+  userRole: 'MyRole'
+  userFullName: 'Ukjent bruker'
+  startDate: '2017-01-01'
+  endDate: '2017-12-31'
+  year: '2016'
+  tableFormat: 'html'
+  registryName: 'rapbase'
+  shinySession: list()
+title: '`r paste(params$title, params$hospitalName, " i perioden fra ", params$startDate, " til ", params$endDate)`'
+author: '`r params$author`'
+date: '`r format(Sys.time(), "%d\\. %B, %Y")`'
+reglogo: '`r system.file("www/logoSmerte.png", package = "smerte")`'
+regtext: '`r readLines(system.file("registryShortDescription.txt", package = "smerte"))`'
+registryName: Smerteregisteret
+userFullName: '`r params$userFullName`'
+---
+```{r set options and load packages, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE)
+options(knitr.table.format = params$tableFormat)
+options(tinytex.verbose = TRUE)
+```
+
+```{r get data, include=FALSE}
+
+if (rapbase::isRapContext()) {
+  dat <- smerte::getRegDataRapportOppfolg(
+    registryName = params$registryName,
+    reshId = params$reshId,
+    userRole = params$userRole,
+    startDate = params$startDate,
+    endDate = params$endDate,
+    session = params$shinySession
+  )
+} else {
+  #Dataimport: skal hente lokale data for hvert sykehus (tar vekk sti, og erstatter med lokal filB)
+  path <- read.csv(file = "H:/path.csv", header = FALSE, sep = ";")
+  path <- as.data.frame(lapply(path, as.character), stringsAsFactors=FALSE)
+  path <- path$V1
+  dat <- read.csv(file = path, header = TRUE, sep = ";")
+}
+
+
+```
+
+# Anbefalt videre oppfølging ved smerteklinikk
+
+I denne rapporten ser vi en oversikt over om pasientene blir anbefalt videre oppfølging ved smerteklinikk og hvordan de er fordelt mellom
+avdelingene på sykehuset i løpet av hele tidsperioden.
+
+```{r oppfølgingstabell, warning = TRUE, message=TRUE, results='asis'}
+#Oversikt over videre oppfølging
+
+# Data for tabell
+oppfolgdat <- dat %>%
+  #dplyr::filter(Tilsett == 1) %>% kan ta med dersom de vil
+  dplyr::count(OppfSmeKl) %>%
+  dplyr::mutate(prosent = round(100*(n/sum(n))))
+# Gi navn i stedet for tall til alternativene for tilsyn/ikke tilsyn
+oppfolgdat <- oppfolgdat %>%
+  dplyr::mutate(oppfolggrunn = 
+                  dplyr::case_when(OppfSmeKl == 0 ~ "Nei",
+                                   OppfSmeKl == 1 ~ "Ja",
+                                   OppfSmeKl == 3 ~ "Usikker",
+                                   OppfSmeKl == 9 ~ "Vet ikke",
+                                   is.na(OppfSmeKl) ~ "Mangler verdi",
+                                   FALSE ~ "Ikke angitt"))
+oppfolgdat <- oppfolgdat[ ,c(4,2,3)]
+
+rapbase::mst(
+  tab = oppfolgdat,
+  col_names = c("Anbefalt oppfølging ved smerteklinikk?", "Antall ", "Prosent"),
+  cap = paste0("Antall for hver kategori om pasienten har blitt anbefalt videre oppfølging ved smerteklinikk. Gjelder ",
+              "for perioden fra og med ", params$startDate, " til og med ",
+               params$endDate, "."),
+  type = params$tableFormat,
+  digs = 0,
+  align = c("l", "r", "r", "r")
+)
+
+```
+
+```{r avdelingsoppfølging, warning = TRUE, message=TRUE, results='asis'}
+#Oversikt over videre oppfølging avdeling
+
+oppfolgavd <- dat %>%
+  dplyr::filter(!is.na(OppfSmeKl)) %>% 
+  dplyr::count(DEPARTMENT_SHORTNAME, OppfSmeKl) %>%
+  tidyr::spread(OppfSmeKl, n, fill=0)
+
+total_avdeling <- colSums(oppfolgavd[, -1])
+
+#Legge på totalrad nederst
+oppfolgavd <- oppfolgavd %>%
+  dplyr::bind_rows(total_avdeling)
+
+#Legge til navn
+oppfolgavd[nrow(oppfolgavd), 1] <- "TOTAL"
+
+oppfolgavd <- oppfolgavd %>%
+  dplyr::mutate(rowsum = rowSums(dplyr::select_if(., is.numeric)))
+
+
+###Lager tabell basert på antall ulike unike svar (ja, nei, usikker, vet ikke)
+if(dim(oppfolgavd)[2] == 5){
+  rapbase::mst(
+  tab = oppfolgavd,
+  col_names = c("Avdeling", "Nei", "Ja", "Vet ikke", "Sum avdeling"),
+  cap = paste0("Antall for hver kategori om pasienten har blitt anbefalt videre oppfølging ved smerteklinikk. Gjelder ",
+              "for perioden fra og med ", params$startDate, " til og med ",
+               params$endDate, "."),
+  type = params$tableFormat,
+  digs = 0,
+  align = c("l", "r", "r", "r", "r", "r")
+  )
+}
+# 
+if(dim(oppfolgavd)[2] == 4){
+  rapbase::mst(
+  tab = oppfolgavd,
+  col_names = c("Avdeling", "Nei", "Ja", "Sum avdeling"),
+  cap = paste0("Antall for hver kategori om pasienten har blitt anbefalt videre oppfølging ved smerteklinikk. Gjelder ",
+              "for perioden fra og med ", params$startDate, " til og med ",
+               params$endDate, "."),
+  type = params$tableFormat,
+  digs = 0,
+  align = c("l", "r", "r", "r", "r")
+  )
+}
+# 
+if(dim(oppfolgavd)[2] == 6){
+  rapbase::mst(
+  tab = oppfolgavd,
+  col_names = c("Avdeling", "Nei", "Ja", "Usikker", "Vet ikke", "Sum avdeling"),
+  cap = paste0("Antall for hver kategori om pasienten har blitt anbefalt videre oppfølging ved smerteklinikk. Gjelder ",
+              "for perioden fra og med ", params$startDate, " til og med ",
+               params$endDate, "."),
+  type = params$tableFormat,
+  digs = 0,
+  align = c("l", "r", "r", "r", "r", "r", "r")
+  )
+}
+
+```