-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Commit
This commit does not belong to any branch on this repository, and may belong to a fork outside of the repository.
Merge i forkant av prodsetting av ny versjon
- Loading branch information
Showing
14 changed files
with
858 additions
and
78 deletions.
There are no files selected for viewing
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -0,0 +1,112 @@ | ||
| --- | ||
| params: | ||
| title: 'Dekningsgrad etter reservasjon ved' | ||
| author: 'Rapporteket' | ||
| hospitalName: 'Ukjent sykehus' | ||
| reshId: 'locallyDefined' | ||
| userRole: 'MyRole' | ||
| userFullName: 'Ukjent bruker' | ||
| startDate: '2017-01-01' | ||
| endDate: '2017-12-31' | ||
| year: '2016' | ||
| tableFormat: 'html' | ||
| registryName: 'rapbase' | ||
| shinySession: list() | ||
| title: '`r paste(params$title, params$hospitalName, " i perioden fra ", params$startDate, " til ", params$endDate)`' | ||
| author: '`r params$author`' | ||
| date: '`r format(Sys.time(), "%d\\. %B, %Y")`' | ||
| reglogo: '`r system.file("www/logoSmerte.png", package = "smerte")`' | ||
| regtext: '`r readLines(system.file("registryShortDescription.txt", package = "smerte"))`' | ||
| registryName: Smerteregisteret | ||
| userFullName: '`r params$userFullName`' | ||
| --- | ||
| ```{r set options and load packages, include = FALSE} | ||
| knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE) | ||
| options(knitr.table.format = params$tableFormat) | ||
| options(tinytex.verbose = TRUE) | ||
| ``` | ||
|
|
||
| ```{r get data, include=FALSE} | ||
| if (rapbase::isRapContext()) { | ||
| dat <- smerte::getRegDataRapportDekningsgradReservasjon( | ||
| registryName = params$registryName, | ||
| reshId = params$reshId, | ||
| userRole = params$userRole, | ||
| startDate = params$startDate, | ||
| endDate = params$endDate, | ||
| session = params$shinySession | ||
| ) | ||
| } else { | ||
| #Dataimport: skal hente lokale data for hvert sykehus (tar vekk sti, og erstatter med lokal filB) | ||
| path <- read.csv(file = "H:/path.csv", header = FALSE, sep = ";") | ||
| path <- as.data.frame(lapply(path, as.character), stringsAsFactors=FALSE) | ||
| path <- path$V1 | ||
| dat <- read.csv(file = path, header = TRUE, sep = ";") | ||
| # avdpath <- read.csv(file = "H:/avdelingpath.csv", header = FALSE, sep = ";") | ||
| # avdpath <- as.data.frame(lapply(avdpath, as.character), stringsAsFactors=FALSE) | ||
| # avdpath <- avdpath$V1 | ||
| # avd <- read.csv(file = avdpath, header = TRUE, sep = ";", encoding = "UTF-8") | ||
| # #Endrer navn til å matche rapporteket | ||
| # avd <- avd %>% rename(DEPARTMENT_ID = AvdID, DEPARTMENT_NAME = AvdNavn, DEPARTMENT_SHORTNAME = AvdNavnKort) | ||
| # | ||
| # #Samler datasettene vha InnlAvd i allevarnum og departmentID i avdelingsoversikt | ||
| # dat <- merge(x = dat, y = avd, by.x = c("InnlAvd"), by.y = c("DEPARTMENT_ID")) | ||
| #Må kunne laste inn data for de ulike årene | ||
| #aar <- params$year | ||
| #dat = dat %>% filter(year(date(StartdatoTO)) == aar) #year | ||
| } | ||
| ``` | ||
|
|
||
| # Dekningsgrad etter reservasjon | ||
|
|
||
| Dekningsgraden beregnes lokalt for hvert sykehus. Den viser andelen __forløp__ der pasienten ikke har reservert seg mot å være med i registeret for de forløp der inklusjonskriterene er oppfylt. | ||
|
|
||
| ```{r inkludert, results='asis'} | ||
| if (dim(dat)[1] < 1) { | ||
| message <- "I den valgte tidsperioden er det ikke nok data til å angi dekningsgrad." | ||
| } else { | ||
| antInk <- sum(dat$InklKritOppf == 1, na.rm = TRUE) | ||
| antReserv <- sum((dat$Reservasjonsstatus == 1 & dat$InklKritOppf == 1), | ||
| na.rm = TRUE) | ||
| antReservTOT <- sum(dat$Reservasjonsstatus == 1, na.rm = TRUE) | ||
| inklStat <- sum((dat$Reservasjonsstatus == 0 & dat$InklKritOppf == 1), | ||
| na.rm = TRUE) | ||
| if (antInk < 1) { | ||
| message <- "I den valgte tidsperioden er det ikke nok data til å angi dekningsgrad." | ||
| } else { | ||
| dekning <- inklStat / antInk | ||
| nPatient <- length(unique(dat$PasientID)) | ||
| nEvent <- length(unique(dat$ForlopsID)) | ||
| nNoIncl <- length(dat$InklKritOppf[dat$InklKritOppf == 0]) | ||
| patientTxt <- "." | ||
| if (nPatient > 1) { | ||
| patientTxt <- paste(" fordelt på", nPatient, "pasienter.") | ||
| } | ||
| if (nPatient == 1) { | ||
| patientTxt <- " for én pasient." | ||
| } | ||
| message <- paste0("Dekningsgraden for ", params$hospitalName, | ||
| " i den valgte tidsperioden er __", | ||
| round(dekning, digits = 2), "__. Antall inkluderte er ", inklStat, " mens totalt antall som oppfyller inklusjonskriteriene er ", | ||
| antInk, ".") | ||
| message <- paste0(message, "\n\n## Tallgrunnlag og utvalg \n", | ||
| " I utvalget er det ", nEvent, " forløp", patientTxt, | ||
| " For forløp der inklusjonskriteriene er oppfylt er ", antReserv, | ||
| " registrert med reservasjon, mens det totalt er ", antReservTOT, " forløp med reservasjon. Det er totalt ", nNoIncl, " forløp som oppfyller ikke inklusjonskriteriene.") | ||
| } | ||
| } | ||
| cat(paste(" \n", message)) | ||
| ``` |
Oops, something went wrong.