README

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Dependencies

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Modules

sratoolkit v.2.9.6 (Requires Bioinformatics) R v.3.6.1 R packages

tidyverse_v.1.3.0 dplyr_1.0.0 Hmisc_4.4-0 RcmdrMisc_2.7-0 reshape2_1.4.4 ggplot2_3.3.2 RColorBrewer_1.1-2 Rcpp_1.0.5 Other

mothur v.1.44.0 ML pipeline code ####################

Preparing Data

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Running the Pipeline

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