Introduction

Repository with supplementary code for article:

Proteogenomic analysis of triple-negative breast cancer identifies subtype-specific therapeutic vulnerabilities and epigenetic immune suppression

Authors

• Antonio Colaprico
• Brian D. Lehmann
• Hanchen huang
• Tiago C. Silva
• Xi S.Chen

How to cite this code:

Folder and files structure

• 01_data_download.R: Download majority of the data used in the analysis. This is the first file to be executed.
• data: contains data used by the analysis code that are not retrieved with 01_data_download.R
• analysis/TCGA: contains code used to perform majority of TCGA analysis
• analysis/CPTAC: contains code used to perform majority of CPTAC analysis
• analysis/PDTX: contains code used to perform majority of PDTX analysis
• analysis/depmap: contains code used to perform majority of DepMap(The Cancer Dependency Map Project) analysis
• analysis/GDSC: contains code used to perform majority of GDSC ( Genomics of Drug Sensitivity in Cancer) analysis

Instructions

• To run the analysis you will need a machine with R 4.2 and at least 32Gb.

• We expect the working directory to be the upper level where you can see folder analysis and data.

• Install all required packages, then run 01_data_download.R first. The data should be save under data directory.

• Then go to the analysis folder and select the appropriate analysis.

If you are having issues

For any reason, if you are not able to run the code, please, create an issue in GitHub.

Code to install required packages

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){
  install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install(version = "3.15",ask = FALSE) # Install last version of Bioconductor

list.of.packages <- c(
  "readr",
  "readxl",
  "plyr",
  "dplyr",
  "tidyr",
  "GenomicRanges",
  "SummarizedExperiment",
  "mygene",
  "illuminaHumanv4.db",
  "EnsDb.Hsapiens.v75",
  "FDb.InfiniumMethylation.hg19",
  "limma",
  "edgeR",
  "DESeq2",
  "sva",
  "stats",
  "GSVA",
  "GSEABase",
  "GSVAdata",
  "genefilter",
  "maftools",
  "circlize",
  "ComplexHeatmap",
  "TCGAbiolinks",
  "ELMER",
  "flowCore",
  "flowStats",
  "cowplot",
  "gridGraphics",
  "survminer",
  "survminer",
  "ChIPseeker",
  "qvalue",
  "EDASeq",
  "mygene",
  "ggVennDiagram",
  "ggcyto",
  "tidyverse",
  "CancerSubtypes",
  "gdata"
)
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) BiocManager::install(new.packages)

devtools::install_github("igordot/msigdbr",ref = "60a89f3aa43fe0745905ab58f121d9d28601d1ad")
devtools::install_github("dviraran/xCell")

Session information

R version 4.1.0 (2021-05-18)

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale: LC_CTYPE=en_US.UTF-8, LC_NUMERIC=C, LC_TIME=en_US.UTF-8, LC_COLLATE=en_US.UTF-8, LC_MONETARY=en_US.UTF-8, LC_MESSAGES=en_US.UTF-8, LC_PAPER=en_US.UTF-8, LC_NAME=C, LC_ADDRESS=C, LC_TELEPHONE=C, LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 and LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:

• grid
• parallel
• stats4
• stats
• graphics
• grDevices
• utils
• datasets
• methods
• base

other attached packages:

• msigdbr(v.6.2.1)
• pander(v.0.6.4)
• gdata(v.2.18.0)
• CancerSubtypes(v.1.18.0)
• NMF(v.0.23.0)
• cluster(v.2.1.2)
• rngtools(v.1.5)
• pkgmaker(v.0.32.2)
• registry(v.0.5-1)
• sigclust(v.1.1.0)
• forcats(v.0.5.1)
• stringr(v.1.4.0)
• purrr(v.0.3.4)
• tibble(v.3.1.4)
• tidyverse(v.1.3.1)
• ggcyto(v.1.20.0)
• flowWorkspace(v.4.4.0)
• ncdfFlow(v.2.38.0)
• BH(v.1.75.0-0)
• RcppArmadillo(v.0.10.6.0.0)
• ggVennDiagram(v.1.1.4)
• EDASeq(v.2.26.1)
• ShortRead(v.1.50.0)
• GenomicAlignments(v.1.28.0)
• Rsamtools(v.2.8.0)
• Biostrings(v.2.60.2)
• XVector(v.0.32.0)
• qvalue(v.2.24.0)
• ChIPseeker(v.1.28.3)
• survminer(v.0.4.9)
• ggpubr(v.0.4.0)
• ggplot2(v.3.3.5)
• gridGraphics(v.0.5-1)
• cowplot(v.1.1.1)
• flowStats(v.4.4.0)
• flowCore(v.2.4.0)
• ELMER(v.2.16.0)
• ELMER.data(v.2.16.0)
• TCGAbiolinks(v.2.21.5)
• ComplexHeatmap(v.2.8.0)
• circlize(v.0.4.13)
• maftools(v.2.8.0)
• GSVAdata(v.1.28.0)
• hgu95a.db(v.3.13.0)
• GSEABase(v.1.54.0)
• graph(v.1.70.0)
• annotate(v.1.70.0)
• XML(v.3.99-0.7)
• GSVA(v.1.40.1)
• sva(v.3.40.0)
• BiocParallel(v.1.26.2)
• genefilter(v.1.74.0)
• mgcv(v.1.8-36)
• nlme(v.3.1-152)
• DESeq2(v.1.32.0)
• edgeR(v.3.34.1)
• limma(v.3.48.3)
• FDb.InfiniumMethylation.hg19(v.2.2.0)
• TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(v.3.2.2)
• EnsDb.Hsapiens.v75(v.2.99.0)
• ensembldb(v.2.16.4)
• AnnotationFilter(v.1.16.0)
• illuminaHumanv4.db(v.1.26.0)
• org.Hs.eg.db(v.3.13.0)
• mygene(v.1.28.0)
• GenomicFeatures(v.1.44.2)
• AnnotationDbi(v.1.54.1)
• SummarizedExperiment(v.1.23.4)
• Biobase(v.2.52.0)
• MatrixGenerics(v.1.4.3)
• matrixStats(v.0.60.1)
• GenomicRanges(v.1.44.0)
• GenomeInfoDb(v.1.28.4)
• IRanges(v.2.26.0)
• S4Vectors(v.0.30.0)
• BiocGenerics(v.0.38.0)
• tidyr(v.1.1.3)
• dplyr(v.1.0.7)
• plyr(v.1.8.6)
• readxl(v.1.3.1)
• readr(v.2.0.1)
• xCell(v.1.1.0)

loaded via a namespace (and not attached):

• graphlayouts(v.0.7.1)
• lattice(v.0.20-44)
• haven(v.2.4.3)
• vctrs(v.0.3.8)
• blob(v.1.2.2)
• survival(v.3.2-13)
• DBI(v.1.1.1)
• R.utils(v.2.10.1)
• SingleCellExperiment(v.1.14.1)
• rappdirs(v.0.3.3)
• gsubfn(v.0.7)
• jpeg(v.0.1-9)
• zlibbioc(v.1.38.0)
• htmlwidgets(v.1.5.3)
• mvtnorm(v.1.1-2)
• GlobalOptions(v.0.1.2)
• irlba(v.2.3.3)
• DEoptimR(v.1.0-9)
• tidygraph(v.1.2.0)
• Rcpp(v.1.0.7)
• KernSmooth(v.2.23-20)
• DelayedArray(v.0.18.0)
• RcppParallel(v.5.1.4)
• Hmisc(v.4.5-0)
• fs(v.1.5.0)
• fastmatch(v.1.1-3)
• digest(v.0.6.27)
• png(v.0.1-7)
• scatterpie(v.0.1.7)
• DOSE(v.3.18.2)
• ggraph(v.2.0.5)
• pkgconfig(v.2.0.3)
• GO.db(v.3.13.0)
• gridBase(v.0.4-7)
• DelayedMatrixStats(v.1.14.3)
• iterators(v.1.0.13)
• GetoptLong(v.1.0.5)
• xfun(v.0.25)
• zoo(v.1.8-9)
• tidyselect(v.1.1.1)
• reshape2(v.1.4.4)
• pcaPP(v.1.9-74)
• viridisLite(v.0.4.0)
• rtracklayer(v.1.52.1)
• rlang(v.0.4.11)
• hexbin(v.1.28.2)
• RVenn(v.1.1.0)
• glue(v.1.4.2)
• RColorBrewer(v.1.1-2)
• modelr(v.0.1.8)
• RProtoBufLib(v.2.4.0)
• ggsignif(v.0.6.2)
• DO.db(v.2.9)
• jsonlite(v.1.7.2)
• bit(v.4.0.4)
• IDPmisc(v.1.1.20)
• gridExtra(v.2.3)
• gplots(v.3.1.1)
• ConsensusClusterPlus(v.1.56.0)
• stringi(v.1.7.4)
• TCGAbiolinksGUI.data(v.1.12.0)
• yulab.utils(v.0.0.2)
• bitops(v.1.0-7)
• cli(v.3.0.1)
• rhdf5filters(v.1.4.0)
• sqldf(v.0.4-11)
• RSQLite(v.2.2.8)
• rrcov(v.1.5-5)
• data.table(v.1.14.0)
• flowViz(v.1.56.0)
• rstudioapi(v.0.13)
• locfit(v.1.5-9.4)
• ks(v.1.13.2)
• VariantAnnotation(v.1.38.0)
• survMisc(v.0.5.5)
• R.oo(v.1.24.0)
• dbplyr(v.2.1.1)
• lifecycle(v.1.0.0)
• munsell(v.0.5.0)
• cellranger(v.1.1.0)
• R.methodsS3(v.1.8.1)
• hwriter(v.1.3.2)
• caTools(v.1.18.2)
• codetools(v.0.2-18)
• MultiAssayExperiment(v.1.18.0)
• htmlTable(v.2.2.1)
• proto(v.1.0.0)
• xtable(v.1.8-4)
• abind(v.1.4-5)
• farver(v.2.1.0)
• km.ci(v.0.5-2)
• aplot(v.0.1.0)
• biovizBase(v.1.40.0)
• ggtree(v.3.0.4)
• BiocIO(v.1.2.0)
• patchwork(v.1.1.1)
• dichromat(v.2.0-0)
• fda(v.5.1.9)
• Matrix(v.1.3-4)
• tidytree(v.0.3.4)
• ellipsis(v.0.3.2)
• prettyunits(v.1.1.1)
• lubridate(v.1.7.10)
• reprex(v.2.0.1)
• mclust(v.5.4.7)
• igraph(v.1.2.6)
• fgsea(v.1.18.0)
• htmltools(v.0.5.2)
• BiocFileCache(v.2.0.0)
• yaml(v.2.2.1)
• utf8(v.1.2.2)
• plotly(v.4.9.4.1)
• fds(v.1.8)
• hdrcde(v.3.4)
• aws.s3(v.0.3.21)
• foreign(v.0.8-81)
• withr(v.2.4.2)
• aroma.light(v.3.22.0)
• bit64(v.4.0.5)
• foreach(v.1.5.1)
• robustbase(v.0.93-8)
• ProtGenerics(v.1.24.0)
• cytolib(v.2.4.0)
• GOSemSim(v.2.18.1)
• rsvd(v.1.0.5)
• ScaledMatrix(v.1.0.0)
• memoise(v.2.0.0)
• evaluate(v.0.14)
• rio(v.0.5.27)
• geneplotter(v.1.70.0)
• tzdb(v.0.1.2)
• curl(v.4.3.2)
• fansi(v.0.5.0)
• checkmate(v.2.0.0)
• cachem(v.1.0.6)
• Gviz(v.1.36.2)
• babelgene(v.21.4)
• impute(v.1.66.0)
• rjson(v.0.2.20)
• openxlsx(v.4.2.4)
• rstatix(v.0.7.0)
• ggrepel(v.0.9.1)
• clue(v.0.3-59)
• tools(v.4.1.0)
• rainbow(v.3.6)
• magrittr(v.2.0.1)
• RCurl(v.1.98-1.4)
• car(v.3.0-11)
• aws.signature(v.0.6.0)
• ape(v.5.5)
• ggplotify(v.0.1.0)
• xml2(v.1.3.2)
• httr(v.1.4.2)
• assertthat(v.0.2.1)
• rmarkdown(v.2.10)
• boot(v.1.3-28)
• R6(v.2.5.1)
• Rhdf5lib(v.1.14.2)
• nnet(v.7.3-16)
• progress(v.1.2.2)
• KEGGREST(v.1.32.0)
• treeio(v.1.16.2)
• gtools(v.3.9.2)
• shape(v.1.4.6)
• beachmat(v.2.8.1)
• HDF5Array(v.1.20.0)
• BiocSingular(v.1.8.1)
• rhdf5(v.2.36.0)
• splines(v.4.1.0)
• carData(v.3.0-4)
• ggfun(v.0.0.3)
• colorspace(v.2.0-2)
• generics(v.0.1.0)
• base64enc(v.0.1-3)
• pracma(v.2.3.3)
• chron(v.2.3-56)
• pillar(v.1.6.2)
• Rgraphviz(v.2.36.0)
• tweenr(v.1.0.2)
• iCluster(v.2.1.0)
• GenomeInfoDbData(v.1.2.6)
• gtable(v.0.3.0)
• rvest(v.1.0.1)
• zip(v.2.2.0)
• restfulr(v.0.0.13)
• knitr(v.1.33)
• latticeExtra(v.0.6-29)
• shadowtext(v.0.0.8)
• biomaRt(v.2.48.3)
• fastmap(v.1.1.0)
• Cairo(v.1.5-12.2)
• doParallel(v.1.0.16)
• broom(v.0.7.9)
• BSgenome(v.1.60.0)
• scales(v.1.1.1)
• filelock(v.1.0.2)
• backports(v.1.2.1)
• plotrix(v.3.8-1)
• enrichplot(v.1.12.2)
• hms(v.1.1.0)
• ggforce(v.0.3.3)
• KMsurv(v.0.1-5)
• polyclip(v.1.10-0)
• lazyeval(v.0.2.2)
• Formula(v.1.2-4)
• crayon(v.1.4.1)
• MASS(v.7.3-54)
• downloader(v.0.4)
• sparseMatrixStats(v.1.4.2)
• viridis(v.0.6.1)
• reshape(v.0.8.8)
• rpart(v.4.1-15)
• compiler(v.4.1.0)