dippa-analyysi

Repo dippatyön analyysejä varten. Tänne tulee kaikki koodit yms.

Repon sisältö

• README.md -- tämä helppitiedosto.
• dippa.and -- pääanalyysiscripti
• dippa-analyysi.Rproj -- Rstudio-projekti datalla ja tuloksilla leikkimiseen
• preprocess.R -- DEPRECATED! PREPROSESSOINTI ANDURILILLA. R-scriptin datan esikäsittelyyn.
• regression_analysis_multivariate.R -- R-scripti, jossa Bayesilainen regressioanalyysi (prot ~ mrna + mirna), tässä kaikki miRNAt kerralla mukana.
• regression_analysis_univariate.R -- R-scripti, jossa Bayesilainen regressioanalyysi (prot ~ mrna + mirna), tässä yksi miRNA kerrallaan mallissa.
• scale_regression_data.R -- DEPRECATED! NORMALISOINTI ANDURILILLAR-scripti datan normalisointiin regressiota varten. Plottaa myös jakaumat muuttujista.
• stan -- hakemisto, jossa Stan-mallitiedostot
• testing_data.R -- R-scipti, jossa lähinnä datan kanssa leikkimistä ja uuden (norjalaisten paperissa julkaistun) ja vanhan (norjalaisten mulle lähettämän) datan vertaamista
• triton -- hakemisto, jossa skriptit Stan-analyysien ajamiseksi Triton-klusterilla.