added files from Decai

alec-glisman · Apr 15, 2024 · e472c37 · e472c37
1 parent 91ca837
commit e472c37
Show file tree

Hide file tree

Showing 18 changed files with 3,217 additions and 174 deletions.
diff --git a/.vscode/settings.json b/.vscode/settings.json
@@ -1,171 +1,172 @@
 {
     "cSpell.words": [
-      "afterany",
-      "arange",
-      "aspartic",
-      "atactic",
-      "atomtype",
-      "autoscale",
-      "avgs",
-      "axhline",
-      "BIASFACTOR",
-      "carboxylicacid",
-      "cmap",
-      "COMPND",
-      "concat",
-      "conect",
-      "counterions",
-      "CPPFLAGS",
-      "cpus",
-      "cuda",
-      "DBUILD",
-      "DCMAKE",
-      "DCUDA",
-      "deffnm",
-      "DGMX",
-      "downsample",
-      "downsampled",
-      "DREGRESSIONTEST",
-      "dtype",
-      "eccrpa",
-      "editconf",
-      "ENDMDL",
-      "eneconv",
-      "eqbm",
-      "ewald",
-      "FFTW",
-      "fileformats",
-      "fontsize",
-      "forcefield",
-      "freezedim",
-      "freezegrps",
-      "Gaussians",
-      "genion",
-      "glutamic",
-      "gracebat",
-      "gres",
-      "GROMACS",
-      "grompp",
-      "hdevice",
-      "Hend",
-      "HETATM",
-      "homopolymer",
-      "HREMD",
-      "HREX",
-      "hwthread",
-      "icode",
-      "icpc",
-      "idxs",
-      "iiia",
-      "iiic",
-      "iiiiiic",
-      "iiiiiiia",
-      "ildn",
-      "jobid",
-      "joblog",
-      "labelpad",
-      "labelsize",
-      "LDFLAGS",
-      "Lenantiomer",
-      "libplumed",
-      "linewidth",
-      "linpot",
-      "lowbarrier",
-      "Makefiles",
-      "mathtext",
-      "maxdepth",
-      "maxh",
-      "maxwarn",
-      "MDANALYSIS",
-      "mdin",
-      "mdout",
-      "Mdrun",
-      "METAD",
-      "metadynamics",
-      "mindepth",
-      "mpic",
-      "mpicc",
-      "mpiexec",
-      "mpirun",
-      "multicv",
-      "multidir",
-      "ncol",
-      "ncols",
-      "ndarray",
-      "nmcrystal",
-      "nmol",
-      "nname",
-      "noappend",
-      "nocopyright",
-      "noignh",
-      "nosol",
-      "nstenergy",
-      "nstxout",
-      "NTASKS",
-      "ntomp",
-      "nwall",
-      "ompi",
-      "ONEOPES",
-      "openbabel",
-      "openmpi",
-      "paan",
-      "PACKMOL",
-      "pinoffset",
-      "pinstride",
-      "PLUMEDROOT",
-      "pname",
-      "Polyelectrolyte",
-      "polymorphs",
-      "POSRES",
-      "PREC",
-      "printfile",
-      "PVOH",
-      "pymatgen",
-      "ravh",
-      "rcoulomb",
-      "renum",
-      "replex",
-      "resid",
-      "resids",
-      "resname",
-      "resnum",
-      "resnumbers",
-      "rlist",
-      "rmin",
-      "rtpres",
-      "rvdw",
-      "sasa",
-      "SBATCH",
-      "sdir",
-      "segid",
-      "sjobid",
-      "SLURM",
-      "Spacegroup",
-      "spce",
-      "squeue",
-      "stds",
-      "substr",
-      "supercell",
-      "tacticity",
-      "tmax",
-      "tmin",
-      "topol",
-      "tqdm",
-      "tric",
-      "trjcat",
-      "trjconv",
-      "tunbiased",
-      "twoslab",
-      "ungroup",
-      "vaterite",
-      "vdwradii",
-      "Walltime",
-      "WHOLEMOLECULES",
-      "xlabel",
-      "ylabel",
-      "ylim",
-      "ZMAX",
-      "ZMIN"
+        "afterany",
+        "arange",
+        "aspartic",
+        "atactic",
+        "atomtype",
+        "autoscale",
+        "avgs",
+        "axhline",
+        "BIASFACTOR",
+        "carboxylicacid",
+        "cmap",
+        "COMPND",
+        "concat",
+        "conect",
+        "counterions",
+        "CPPFLAGS",
+        "cpus",
+        "cuda",
+        "DBUILD",
+        "DCMAKE",
+        "DCUDA",
+        "deffnm",
+        "DGMX",
+        "downsample",
+        "downsampled",
+        "DREGRESSIONTEST",
+        "dtype",
+        "eccrpa",
+        "editconf",
+        "ENDMDL",
+        "eneconv",
+        "eqbm",
+        "ewald",
+        "FFTW",
+        "fileformats",
+        "fontsize",
+        "forcefield",
+        "freezedim",
+        "freezegrps",
+        "Gaussians",
+        "genion",
+        "glutamic",
+        "gracebat",
+        "gres",
+        "GROMACS",
+        "grompp",
+        "hdevice",
+        "Hend",
+        "HETATM",
+        "homopolymer",
+        "HREMD",
+        "HREX",
+        "hwthread",
+        "icode",
+        "icpc",
+        "idxs",
+        "iiia",
+        "iiic",
+        "iiiiiic",
+        "iiiiiiia",
+        "ildn",
+        "jobid",
+        "joblog",
+        "labelpad",
+        "labelsize",
+        "LDFLAGS",
+        "Lenantiomer",
+        "libplumed",
+        "linewidth",
+        "linpot",
+        "lowbarrier",
+        "Makefiles",
+        "mathtext",
+        "maxdepth",
+        "maxh",
+        "maxwarn",
+        "MDANALYSIS",
+        "mdin",
+        "mdout",
+        "Mdrun",
+        "METAD",
+        "metadynamics",
+        "mindepth",
+        "mkpath",
+        "mpic",
+        "mpicc",
+        "mpiexec",
+        "mpirun",
+        "multicv",
+        "multidir",
+        "ncol",
+        "ncols",
+        "ndarray",
+        "nmcrystal",
+        "nmol",
+        "nname",
+        "noappend",
+        "nocopyright",
+        "noignh",
+        "nosol",
+        "nstenergy",
+        "nstxout",
+        "NTASKS",
+        "ntomp",
+        "nwall",
+        "ompi",
+        "ONEOPES",
+        "openbabel",
+        "openmpi",
+        "paan",
+        "PACKMOL",
+        "pinoffset",
+        "pinstride",
+        "PLUMEDROOT",
+        "pname",
+        "Polyelectrolyte",
+        "polymorphs",
+        "POSRES",
+        "PREC",
+        "printfile",
+        "PVOH",
+        "pymatgen",
+        "ravh",
+        "rcoulomb",
+        "renum",
+        "replex",
+        "resid",
+        "resids",
+        "resname",
+        "resnum",
+        "resnumbers",
+        "rlist",
+        "rmin",
+        "rtpres",
+        "rvdw",
+        "sasa",
+        "SBATCH",
+        "sdir",
+        "segid",
+        "sjobid",
+        "SLURM",
+        "Spacegroup",
+        "spce",
+        "squeue",
+        "stds",
+        "substr",
+        "supercell",
+        "tacticity",
+        "tmax",
+        "tmin",
+        "topol",
+        "tqdm",
+        "tric",
+        "trjcat",
+        "trjconv",
+        "tunbiased",
+        "twoslab",
+        "ungroup",
+        "vaterite",
+        "vdwradii",
+        "Walltime",
+        "WHOLEMOLECULES",
+        "xlabel",
+        "ylabel",
+        "ylim",
+        "ZMAX",
+        "ZMIN"
     ],
     "cSpell.enableFiletypes": [
         "shellscript"