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Erro no Rscript #2
Comments
Olá Daniel,
tudo bem? Desculpas pelo atraso na resposta.
Sim, tá funcionando!
Estou copiando 2 colegas que poderão comentar melhor a alteração ou se é um “bug”. Ou se falta subir uma release ok! ;)
Vc trabalha com quem? De qual instituição?
Obrigado,
Ronnie
… On 18 Nov 2020, at 19:41, Daniel Moreira ***@***.***> wrote:
Olá Ronnie, tudo bem?
O pipeline de montagem está funcionando normalmente?
Porque eu implementei ele na Fiocruz e estava dando um erro, que ao "debugar" o script percebi que era na linha 175 do script com as funções para gerar o consenso (https://github.com/alvesrco/covid19_itvds/blob/master/dockerfiles/R/wgs_functions.R <https://github.com/alvesrco/covid19_itvds/blob/master/dockerfiles/R/wgs_functions.R>). A linha está escrita assim:
"poor_cov<-which(colSums(cm)<0);"
Olhando o script original (https://github.com/proychou/ViralWGS/blob/master/wgs_functions.R <https://github.com/proychou/ViralWGS/blob/master/wgs_functions.R>), percebi que ao invés do '0', seria '10'.
"poor_cov<-which(colSums(cm)<10);"
Foi intencional essa modificação? E não gerou um erro para vocês?
Um abraço,
Daniel Moreira
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Ronnie Alves (alvesrco@gmail.com)
https://sites.google.com/site/alvesrco/
|
Oi, Daniel! Tudo bem? Sim, a mudança foi intencional. Pra que a gente pudesse escolher a cobertura que quiséssemos, tive que fazer tal alteração. Se não chegou na etapa do SPAdes, pode enviar pra gente o log de output e de erros gerados? Aí poderemos ver mais a fundo o que pode ter acontecido. Abcs, |
Oi, Ronnie, Oi, @reinator, eu usei a cobertura de 10 (default). Não sei se o erro veio da montagem do Spades, porque o script hcov_make_seq.R onde usei a informação de cobertura mínima passou sem problemas. O erro veio no script wgs_functions.R. Abraços, |
Oi, Daniel. Quando trocamos o valor para zero, basicamente estamos dizendo para o script wgs_functions.R que nenhum contig deve ser considerado "poor", uma vez que o que é passado pra ele já é o arquivo Isso já é feio ao se gerar o arquivo "scaffolds_filtered.fasta", que é o que ele usa. Novamente, se puder mandar o log de erros e o também o scaffolds_filtered.fasta, poderemos ver melhor o que pode ter acontecido ou se é como eu falei: muito provavelmente sua amostra não teve reads o suficiente mapeadas contra o genoma de referência, para o pipeline continuar. Uma sugestão para teste: diminua o valor da cobertura e inclua mais sequências de sars-cov-2 no seu arquivo fasta de referência. Se continuar dando erro, nos envie os logs e o arquivo scaffolds_filtered. |
How can I translate your comments?? Is there a feature in github ? |
I am sorry @Rohit-Satyam. I guess you will have to use some translator tool. Cheers, |
Olá Ronnie, tudo bem?
O pipeline de montagem está funcionando normalmente?
Porque eu implementei ele na Fiocruz e estava dando um erro, que ao "debugar" o script percebi que era na linha 175 do script com as funções para gerar o consenso (https://github.com/alvesrco/covid19_itvds/blob/master/dockerfiles/R/wgs_functions.R). A linha está escrita assim:
"poor_cov<-which(colSums(cm)<0);"
Olhando o script original (https://github.com/proychou/ViralWGS/blob/master/wgs_functions.R), percebi que ao invés do '0', seria '10'.
"poor_cov<-which(colSums(cm)<10);"
Foi intencional essa modificação? E não gerou um erro para vocês?
Um abraço,
Daniel Moreira
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