Codon Optimisation - Bricodopt
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Usage:
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1. Paste DNA sequence to optimise into the text area labelled "Original sequence".

Example:
ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAA
GTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGC
TGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCTTCGGCTACGGCCTGCAGTGCTTCGCCCGCTACCCCGACCACATGAAG
CAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTA
CAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGG
ACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAAC
GGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACAC
CCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCTACCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACG
AGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA

2. Paste relevant frequencies from http://www.kazusa.or.jp/codon/ into the text area labelled "Frequencies for optimisation".

Example:
UUU 33.4(   894)  UCU 17.0(   455)  UAU 24.6(   657)  UGU  7.6(   203)
UUC 17.1(   456)  UCC  2.8(    74)  UAC 10.0(   266)  UGC  1.5(    39)
UUA 77.7(  2078)  UCA 22.0(   588)  UAA  2.9(    78)  UGA  0.1(     3)
UUG  4.3(   114)  UCG  4.0(   107)  UAG  0.4(    12)  UGG 13.5(   361)

CUU 14.3(   383)  CCU 15.5(   414)  CAU 10.1(   270)  CGU 32.4(   866)
CUC  1.0(    28)  CCC  3.4(    90)  CAC  8.8(   235)  CGC  4.1(   110)
CUA  6.4(   170)  CCA 23.6(   630)  CAA 38.4(  1026)  CGA  3.4(    90)
CUG  3.7(    99)  CCG  2.4(    63)  CAG  4.1(   110)  CGG  0.5(    14)

AUU 51.4(  1374)  ACU 24.4(   651)  AAU 42.1(  1126)  AGU 16.0(   428)
AUC  8.2(   219)  ACC  5.1(   135)  AAC 17.7(   472)  AGC  5.4(   144)
AUA  6.9(   184)  ACA 32.4(   865)  AAA 69.1(  1847)  AGA  5.3(   143)
AUG 22.3(   596)  ACG  3.9(   103)  AAG  6.2(   167)  AGG  0.9(    23)

GUU 29.3(   783)  GCU 34.0(   908)  GAU 25.3(   676)  GGU 44.0(  1177)
GUC  2.5(    68)  GCC  5.9(   159)  GAC  9.8(   263)  GGC  6.4(   172)
GUA 26.0(   696)  GCA 20.7(   554)  GAA 41.1(  1098)  GGA  8.6(   229)
GUG  5.6(   149)  GCG  3.3(    88)  GAG  5.7(   152)  GGG  3.7(    99)

3. Find the optimised sequence in the text area labelled "Optimised sequence" and additional information in the other text areas.

Source code:
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FIX: Add information about source code files