anotacao: Add contexto

content/04_taxonomia.qmd

@@ -7,7 +7,7 @@ e tipicamente acompanha um perfil de abundância desses táxons.
 
 ![[Ye et al, 2019](https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.07.010)](images/sabeti_2019.jpg)
 
-## Adquirindo o banco de dados
+## Adquirindo o banco de dados {#sec-bdalign}
 
 Mude o diretório atual para `"Pipeline/alignment/db"` (pois esse banco também será usado na seção [@sec-diamond], do alinhamento) e baixe o banco de dados de proteínas do NCBI-nr:
 

content/05_anotacao.qmd

@@ -1,16 +1,22 @@
 # Anotação Funcional
 
+## Contexto
+
+Muitas vezes, uma análise metagenômica não está completa após a classificação taxonômica - afinal, um estudo composicional,
+apesar de útil, não mostra exatamente o que pode estar acontecendo em um microambiente em termos de vias metabólicas e funções biológicas.
+Para esse fim, portanto, temos o passo de anotação funcional, que consiste de inferir funções a partir das sequências obtidas do microbioma, se utilizando ou não da informação taxonômica. 
+
 ## annotate
 
-Para nosso primeiro exemplo, vamos utilizar a ferramenta [`annotate`](https://github.com/dalmolingroup/annotate), que irá transferir identificadores de um resultado de alinhamento para identificadores funcionais, nesse caso termos do gene ontology.
+Para nosso primeiro exemplo, vamos utilizar a ferramenta [`annotate`](https://github.com/dalmolingroup/annotate), que irá transferir identificadores de um resultado de alinhamento para identificadores funcionais, nesse caso termos do [Gene Ontology](https://www.geneontology.org/).
 
 Mas, para fazer isso, primeiro precisamos alinhar nosso dado a uma referência!
 
 ### Alinhamento {#sec-diamond}
 
 #### Realizando o alinhamento
 
-Mude o diretório atual para `"Pipeline/alignment"` e alinhe as leituras contra o banco de dados de proteínas de referência:
+Mude o diretório atual para `"Pipeline/alignment"` e alinhe as leituras contra o banco de dados de proteínas de referência (obtido na seção @sec-bdalign):
 
 ```bash
 touch unaligned.fasta

docs/content/01_setup.html

@@ -72,10 +72,12 @@
 <script src="../site_libs/quarto-html/tippy.umd.min.js"></script>
 <script src="../site_libs/quarto-html/anchor.min.js"></script>
 <link href="../site_libs/quarto-html/tippy.css" rel="stylesheet">
-<link href="../site_libs/quarto-html/quarto-syntax-highlighting.css" rel="stylesheet" id="quarto-text-highlighting-styles">
+<link href="../site_libs/quarto-html/quarto-syntax-highlighting.css" rel="stylesheet" class="quarto-color-scheme" id="quarto-text-highlighting-styles">
+<link href="../site_libs/quarto-html/quarto-syntax-highlighting-dark.css" rel="prefetch" class="quarto-color-scheme quarto-color-alternate" id="quarto-text-highlighting-styles">
 <script src="../site_libs/bootstrap/bootstrap.min.js"></script>
 <link href="../site_libs/bootstrap/bootstrap-icons.css" rel="stylesheet">
-<link href="../site_libs/bootstrap/bootstrap.min.css" rel="stylesheet" id="quarto-bootstrap" data-mode="light">
+<link href="../site_libs/bootstrap/bootstrap.min.css" rel="stylesheet" class="quarto-color-scheme" id="quarto-bootstrap" data-mode="light">
+<link href="../site_libs/bootstrap/bootstrap-dark.min.css" rel="prefetch" class="quarto-color-scheme quarto-color-alternate" id="quarto-bootstrap" data-mode="dark">
 <script id="quarto-search-options" type="application/json">{
   "location": "sidebar",
   "copy-button": false,
@@ -132,8 +134,9 @@
     <div class="pt-lg-2 mt-2 text-left sidebar-header">
     <div class="sidebar-title mb-0 py-0">
       <a href="../">Análise de dados de Metagenômica</a> 
-        <div class="sidebar-tools-main">
+        <div class="sidebar-tools-main tools-wide">
     <a href="https://github.com/dalmolingroup/metagenome-course" title="Código fonte" class="quarto-navigation-tool px-1" aria-label="Código fonte"><i class="bi bi-github"></i></a>
+  <a href="" class="quarto-color-scheme-toggle quarto-navigation-tool  px-1" onclick="window.quartoToggleColorScheme(); return false;" title="Alternar modo escuro"><i class="bi"></i></a>
   <a href="" class="quarto-reader-toggle quarto-navigation-tool px-1" onclick="window.quartoToggleReader(); return false;" title="Alternar modo de leitor">
   <div class="quarto-reader-toggle-btn">
   <i class="bi"></i>
@@ -245,6 +248,150 @@ <h1 class="title"><span class="chapter-number">1</span>&nbsp; <span class="chapt
     }
   }
   toggleBodyColorPrimary();  
+  const disableStylesheet = (stylesheets) => {
+    for (let i=0; i < stylesheets.length; i++) {
+      const stylesheet = stylesheets[i];
+      stylesheet.rel = 'prefetch';
+    }
+  }
+  const enableStylesheet = (stylesheets) => {
+    for (let i=0; i < stylesheets.length; i++) {
+      const stylesheet = stylesheets[i];
+      stylesheet.rel = 'stylesheet';
+    }
+  }
+  const manageTransitions = (selector, allowTransitions) => {
+    const els = window.document.querySelectorAll(selector);
+    for (let i=0; i < els.length; i++) {
+      const el = els[i];
+      if (allowTransitions) {
+        el.classList.remove('notransition');
+      } else {
+        el.classList.add('notransition');
+      }
+    }
+  }
+  const toggleGiscusIfUsed = (isAlternate, darkModeDefault) => {
+    const baseTheme = document.querySelector('#giscus-base-theme')?.value ?? 'light';
+    const alternateTheme = document.querySelector('#giscus-alt-theme')?.value ?? 'dark';
+    let newTheme = '';
+    if(darkModeDefault) {
+      newTheme = isAlternate ? baseTheme : alternateTheme;
+    } else {
+      newTheme = isAlternate ? alternateTheme : baseTheme;
+    }
+    const changeGiscusTheme = () => {
+      // From: https://github.com/giscus/giscus/issues/336
+      const sendMessage = (message) => {
+        const iframe = document.querySelector('iframe.giscus-frame');
+        if (!iframe) return;
+        iframe.contentWindow.postMessage({ giscus: message }, 'https://giscus.app');
+      }
+      sendMessage({
+        setConfig: {
+          theme: newTheme
+        }
+      });
+    }
+    const isGiscussLoaded = window.document.querySelector('iframe.giscus-frame') !== null;
+    if (isGiscussLoaded) {
+      changeGiscusTheme();
+    }
+  }
+  const toggleColorMode = (alternate) => {
+    // Switch the stylesheets
+    const alternateStylesheets = window.document.querySelectorAll('link.quarto-color-scheme.quarto-color-alternate');
+    manageTransitions('#quarto-margin-sidebar .nav-link', false);
+    if (alternate) {
+      enableStylesheet(alternateStylesheets);
+      for (const sheetNode of alternateStylesheets) {
+        if (sheetNode.id === "quarto-bootstrap") {
+          toggleBodyColorMode(sheetNode);
+        }
+      }
+    } else {
+      disableStylesheet(alternateStylesheets);
+      toggleBodyColorPrimary();
+    }
+    manageTransitions('#quarto-margin-sidebar .nav-link', true);
+    // Switch the toggles
+    const toggles = window.document.querySelectorAll('.quarto-color-scheme-toggle');
+    for (let i=0; i < toggles.length; i++) {
+      const toggle = toggles[i];
+      if (toggle) {
+        if (alternate) {
+          toggle.classList.add("alternate");     
+        } else {
+          toggle.classList.remove("alternate");
+        }
+      }
+    }
+    // Hack to workaround the fact that safari doesn't
+    // properly recolor the scrollbar when toggling (#1455)
+    if (navigator.userAgent.indexOf('Safari') > 0 && navigator.userAgent.indexOf('Chrome') == -1) {
+      manageTransitions("body", false);
+      window.scrollTo(0, 1);
+      setTimeout(() => {
+        window.scrollTo(0, 0);
+        manageTransitions("body", true);
+      }, 40);  
+    }
+  }
+  const isFileUrl = () => { 
+    return window.location.protocol === 'file:';
+  }
+  const hasAlternateSentinel = () => {  
+    let styleSentinel = getColorSchemeSentinel();
+    if (styleSentinel !== null) {
+      return styleSentinel === "alternate";
+    } else {
+      return false;
+    }
+  }
+  const setStyleSentinel = (alternate) => {
+    const value = alternate ? "alternate" : "default";
+    if (!isFileUrl()) {
+      window.localStorage.setItem("quarto-color-scheme", value);
+    } else {
+      localAlternateSentinel = value;
+    }
+  }
+  const getColorSchemeSentinel = () => {
+    if (!isFileUrl()) {
+      const storageValue = window.localStorage.getItem("quarto-color-scheme");
+      return storageValue != null ? storageValue : localAlternateSentinel;
+    } else {
+      return localAlternateSentinel;
+    }
+  }
+  const darkModeDefault = false;
+  let localAlternateSentinel = darkModeDefault ? 'alternate' : 'default';
+  // Dark / light mode switch
+  window.quartoToggleColorScheme = () => {
+    // Read the current dark / light value 
+    let toAlternate = !hasAlternateSentinel();
+    toggleColorMode(toAlternate);
+    setStyleSentinel(toAlternate);
+    toggleGiscusIfUsed(toAlternate, darkModeDefault);
+  };
+  // Ensure there is a toggle, if there isn't float one in the top right
+  if (window.document.querySelector('.quarto-color-scheme-toggle') === null) {
+    const a = window.document.createElement('a');
+    a.classList.add('top-right');
+    a.classList.add('quarto-color-scheme-toggle');
+    a.href = "";
+    a.onclick = function() { try { window.quartoToggleColorScheme(); } catch {} return false; };
+    const i = window.document.createElement("i");
+    i.classList.add('bi');
+    a.appendChild(i);
+    window.document.body.appendChild(a);
+  }
+  // Switch to dark mode if need be
+  if (hasAlternateSentinel()) {
+    toggleColorMode(true);
+  } else {
+    toggleColorMode(false);
+  }
   const icon = "";
   const anchorJS = new window.AnchorJS();
   anchorJS.options = {

docs/content/04_taxonomia.html

@@ -199,7 +199,7 @@ <h2 id="toc-title">Índice</h2>
 
   <ul>
   <li><a href="#contexto" id="toc-contexto" class="nav-link active" data-scroll-target="#contexto"><span class="header-section-number">4.1</span> Contexto</a></li>
-  <li><a href="#adquirindo-o-banco-de-dados" id="toc-adquirindo-o-banco-de-dados" class="nav-link" data-scroll-target="#adquirindo-o-banco-de-dados"><span class="header-section-number">4.2</span> Adquirindo o banco de dados</a></li>
+  <li><a href="#sec-bdalign" id="toc-sec-bdalign" class="nav-link" data-scroll-target="#sec-bdalign"><span class="header-section-number">4.2</span> Adquirindo o banco de dados</a></li>
   <li><a href="#realizando-a-classificação-taxonômica" id="toc-realizando-a-classificação-taxonômica" class="nav-link" data-scroll-target="#realizando-a-classificação-taxonômica"><span class="header-section-number">4.3</span> Realizando a classificação taxonômica</a></li>
   </ul>
 </nav>
@@ -236,9 +236,9 @@ <h2 data-number="4.1" class="anchored" data-anchor-id="contexto"><span class="he
 </figure>
 </div>
 </section>
-<section id="adquirindo-o-banco-de-dados" class="level2" data-number="4.2">
-<h2 data-number="4.2" class="anchored" data-anchor-id="adquirindo-o-banco-de-dados"><span class="header-section-number">4.2</span> Adquirindo o banco de dados</h2>
-<p>Mude o diretório atual para <code>"Pipeline/alignment/db"</code> (pois esse banco também será usado na seção <a href="05_anotacao.html#sec-diamond" class="quarto-xref"><span>Seção 5.1.1</span></a>, do alinhamento) e baixe o banco de dados de proteínas do NCBI-nr:</p>
+<section id="sec-bdalign" class="level2" data-number="4.2">
+<h2 data-number="4.2" class="anchored" data-anchor-id="sec-bdalign"><span class="header-section-number">4.2</span> Adquirindo o banco de dados</h2>
+<p>Mude o diretório atual para <code>"Pipeline/alignment/db"</code> (pois esse banco também será usado na seção <a href="05_anotacao.html#sec-diamond" class="quarto-xref"><span>Seção 5.2.1</span></a>, do alinhamento) e baixe o banco de dados de proteínas do NCBI-nr:</p>
 <div class="callout callout-style-simple callout-warning callout-titled">
 <div class="callout-header d-flex align-content-center">
 <div class="callout-icon-container">