anotacao: Fix indentation

content/05_anotacao.qmd

@@ -46,7 +46,8 @@ $ diamond blastx -d index/nr -q ../data/collapsed/SRR579292.fasta -o matches.m8
 ::: callout-note
 ## Nota
 
-No comando DIAMOND, o argumento `--un` especifica o arquivo usado para gravar as sequências não alinhadas, e `--top 3` reporta alinhamentos dentro dessa porcentagem da melhor pontuação de alinhamento.  
+No comando DIAMOND, o argumento `--un` especifica o arquivo usado para gravar as sequências não alinhadas, e `--top 3` reporta alinhamentos dentro dessa porcentagem da melhor pontuação de alinhamento.
+
 O DIAMOND pode usar muita memória e espaço temporário em disco. Portanto, o programa pode falhar ao esgotar um desses recursos. O argumento `-b` especifica o tamanho do bloco e `-c` o número de partes para processamento do índice. O uso total de memória pode ser estimado aproximadamente como **2(b+9b/c) GB**. Em um servidor com alta memória, defina `-c 1`.  
 :::
 
@@ -170,7 +171,7 @@ As opções que utilizamos foram:
 - `-o`: Determina para onde deve ser escrita a saída da ferramenta.
 - `--cpu`: O número de núcleos de processamento a serem utilizados pela ferramenta.
 
-- Uma vez que executamos o eggNOG-mapper, teremos um resultado no seguinte formato (`eggnog_results/SRR579292.emapper.annotations`):
+Uma vez que executamos o eggNOG-mapper, teremos um resultado no seguinte formato (`eggnog_results/SRR579292.emapper.annotations`):
 
 ```
 #query  seed_ortholog   evalue  score   eggNOG_OGs      max_annot_lvl   COG_category    Description     Preferred_name  GOs     EC      KEGG_ko KEGG_Pathway    KEGG_Module     KEGG_Reaction   KEGG_rclass     BRITE      KEGG_TC CAZy    BiGG_Reaction   PFAMs

docs/content/05_anotacao.html

@@ -287,8 +287,8 @@ <h4 data-number="5.1.1.2" class="anchored" data-anchor-id="realizando-o-alinhame
 </div>
 </div>
 <div class="callout-body-container callout-body">
-<p>No comando DIAMOND, o argumento <code>--un</code> especifica o arquivo usado para gravar as sequências não alinhadas, e <code>--top 3</code> reporta alinhamentos dentro dessa porcentagem da melhor pontuação de alinhamento.<br>
-O DIAMOND pode usar muita memória e espaço temporário em disco. Portanto, o programa pode falhar ao esgotar um desses recursos. O argumento <code>-b</code> especifica o tamanho do bloco e <code>-c</code> o número de partes para processamento do índice. O uso total de memória pode ser estimado aproximadamente como <strong>2(b+9b/c) GB</strong>. Em um servidor com alta memória, defina <code>-c 1</code>.</p>
+<p>No comando DIAMOND, o argumento <code>--un</code> especifica o arquivo usado para gravar as sequências não alinhadas, e <code>--top 3</code> reporta alinhamentos dentro dessa porcentagem da melhor pontuação de alinhamento.</p>
+<p>O DIAMOND pode usar muita memória e espaço temporário em disco. Portanto, o programa pode falhar ao esgotar um desses recursos. O argumento <code>-b</code> especifica o tamanho do bloco e <code>-c</code> o número de partes para processamento do índice. O uso total de memória pode ser estimado aproximadamente como <strong>2(b+9b/c) GB</strong>. Em um servidor com alta memória, defina <code>-c 1</code>.</p>
 </div>
 </div>
 <p>Realize um alinhamento mais sensível usando as sequências não alinhadas:</p>
@@ -399,13 +399,13 @@ <h2 data-number="5.2" class="anchored" data-anchor-id="eggnog-mapper"><span clas
 <span id="cb14-6"><a href="#cb14-6" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>        <span class="at">--cpu</span> 6</span></code><button title="Copiar para a área de transferência" class="code-copy-button"><i class="bi"></i></button></pre></div>
 <p>As opções que utilizamos foram:</p>
 <ul>
-<li><p><code>-m</code>: Sinaliza o “modo” de execução do eggnog, neste caso a ferramenta que será utilizada para realizar a busca por sequências. No nosso caso utilizamos o DIAMOND, ferramenta que já conhecemos na <a href="#sec-diamond" class="quarto-xref">Sessão&nbsp;<span>5.1.1</span></a>.</p></li>
-<li><p><code>--itype</code>: Sinaliza o tipo de entrada (<em>input</em>) que damos a ferramenta, no nosso caso sequência contíguas originadas de um metagenoma.</p></li>
-<li><p><code>-i</code>: Determina a entrada para a ferramenta.</p></li>
-<li><p><code>-o</code>: Determina para onde deve ser escrita a saída da ferramenta.</p></li>
-<li><p><code>--cpu</code>: O número de núcleos de processamento a serem utilizados pela ferramenta.</p></li>
-<li><p>Uma vez que executamos o eggNOG-mapper, teremos um resultado no seguinte formato (<code>eggnog_results/SRR579292.emapper.annotations</code>):</p></li>
+<li><code>-m</code>: Sinaliza o “modo” de execução do eggnog, neste caso a ferramenta que será utilizada para realizar a busca por sequências. No nosso caso utilizamos o DIAMOND, ferramenta que já conhecemos na <a href="#sec-diamond" class="quarto-xref">Sessão&nbsp;<span>5.1.1</span></a>.</li>
+<li><code>--itype</code>: Sinaliza o tipo de entrada (<em>input</em>) que damos a ferramenta, no nosso caso sequência contíguas originadas de um metagenoma.</li>
+<li><code>-i</code>: Determina a entrada para a ferramenta.</li>
+<li><code>-o</code>: Determina para onde deve ser escrita a saída da ferramenta.</li>
+<li><code>--cpu</code>: O número de núcleos de processamento a serem utilizados pela ferramenta.</li>
 </ul>
+<p>Uma vez que executamos o eggNOG-mapper, teremos um resultado no seguinte formato (<code>eggnog_results/SRR579292.emapper.annotations</code>):</p>
 <pre><code>#query  seed_ortholog   evalue  score   eggNOG_OGs      max_annot_lvl   COG_category    Description     Preferred_name  GOs     EC      KEGG_ko KEGG_Pathway    KEGG_Module     KEGG_Reaction   KEGG_rclass     BRITE      KEGG_TC CAZy    BiGG_Reaction   PFAMs
 k141_94572      552396.HMPREF0863_01053 4.43e-45        159.0   COG0595@1|root,COG0595@2|Bacteria,1TQ9G@1239|Firmicutes,3VP2V@526524|Erysipelotrichia   526524|Erysipelotrichia S       Psort location Cytoplasmic, score  -       -       -       ko:K12574       ko03018,map03018        -       -       -       ko00000,ko00001,ko01000,ko03019 -       -       -       Lactamase_B,Lactamase_B_2,RMMBL
 k141_47286      1236514.BAKL01000034_gene2896   3.35e-79        254.0   COG5009@1|root,COG5009@2|Bacteria,4NECJ@976|Bacteroidetes,2FNAU@200643|Bacteroidia,4AKYH@815|Bacteroidaceae     976|Bacteroidetes       M COG5009 Membrane carboxypeptidase penicillin-binding protein     mrcA    -       2.4.1.129,3.4.16.4      ko:K05366       ko00550,ko01100,ko01501,map00550,map01100,map01501      -       -       -       ko00000,ko00001,ko01000,ko01003,ko01011    -       GT51    -       Transgly,Transpeptidase

docs/search.json

@@ -124,7 +124,7 @@
     "href": "content/05_anotacao.html#eggnog-mapper",
     "title": "5  Anotação Funcional",
     "section": "5.2 eggNOG-mapper",
-    "text": "5.2 eggNOG-mapper\nO eggNOG-mapper é uma ferramenta que realiza anotação funcional de sequências contíguas. Ele usa informação de ortologia e filogenia para transferir identificadores funcionais às sequências. O eggNOG-mapper pode ser executado através de uma interface web mas aqui ilustraremos seu uso na linha de comando.\nPara isso, vamos utilizar as sequências contíguas que montamos anteriormente, na Seção 3.\n\nO eggNOG-mapper pode ser executado da seguinte maneira:\n\nemapper.py \\\n        -m diamond \\\n        --itype metagenome \\\n        -i SRR579292.contigs.fa \\\n        -o eggnog_results/SRR579292 \\\n        --cpu 6\nAs opções que utilizamos foram:\n\n-m: Sinaliza o “modo” de execução do eggnog, neste caso a ferramenta que será utilizada para realizar a busca por sequências. No nosso caso utilizamos o DIAMOND, ferramenta que já conhecemos na Sessão 5.1.1.\n--itype: Sinaliza o tipo de entrada (input) que damos a ferramenta, no nosso caso sequência contíguas originadas de um metagenoma.\n-i: Determina a entrada para a ferramenta.\n-o: Determina para onde deve ser escrita a saída da ferramenta.\n--cpu: O número de núcleos de processamento a serem utilizados pela ferramenta.\nUma vez que executamos o eggNOG-mapper, teremos um resultado no seguinte formato (eggnog_results/SRR579292.emapper.annotations):\n\n#query  seed_ortholog   evalue  score   eggNOG_OGs      max_annot_lvl   COG_category    Description     Preferred_name  GOs     EC      KEGG_ko KEGG_Pathway    KEGG_Module     KEGG_Reaction   KEGG_rclass     BRITE      KEGG_TC CAZy    BiGG_Reaction   PFAMs\nk141_94572      552396.HMPREF0863_01053 4.43e-45        159.0   COG0595@1|root,COG0595@2|Bacteria,1TQ9G@1239|Firmicutes,3VP2V@526524|Erysipelotrichia   526524|Erysipelotrichia S       Psort location Cytoplasmic, score  -       -       -       ko:K12574       ko03018,map03018        -       -       -       ko00000,ko00001,ko01000,ko03019 -       -       -       Lactamase_B,Lactamase_B_2,RMMBL\nk141_47286      1236514.BAKL01000034_gene2896   3.35e-79        254.0   COG5009@1|root,COG5009@2|Bacteria,4NECJ@976|Bacteroidetes,2FNAU@200643|Bacteroidia,4AKYH@815|Bacteroidaceae     976|Bacteroidetes       M COG5009 Membrane carboxypeptidase penicillin-binding protein     mrcA    -       2.4.1.129,3.4.16.4      ko:K05366       ko00550,ko01100,ko01501,map00550,map01100,map01501      -       -       -       ko00000,ko00001,ko01000,ko01003,ko01011    -       GT51    -       Transgly,Transpeptidase\nk141_141858     158189.SpiBuddy_1606    8.08e-76        239.0   COG1593@1|root,COG1593@2|Bacteria,2J6XN@203691|Spirochaetes     203691|Spirochaetes     G       transporter, DctM subunit       -       -       - --       -       -       -       -       -       -       -       DctM\nk141_23643      272563.CD630_25090      3.3e-45 159.0   COG1486@1|root,COG1486@2|Bacteria,1TQ9I@1239|Firmicutes,24995@186801|Clostridia 186801|Clostridia       G       family 4        -       -       3.2.1.122,3.2.1.86 ko:K01222,ko:K01232     ko00010,ko00500,map00010,map00500       -       R00837,R00838,R00839,R05133,R05134,R06113       RC00049,RC00171,RC00714 ko00000,ko00001,ko01000 -       GH4,GT4 -       Glyco_hydro_4,Glyco_hydro_4C\nk141_70929      1122985.HMPREF1991_02897        3.54e-11        65.5    COG1595@1|root,COG1595@2|Bacteria,4NS12@976|Bacteroidetes,2FQ76@200643|Bacteroidia      976|Bacteroidetes       K       RNA polymerase sigma-70 factor     -       -       -       ko:K03088       -       -       -       -       ko00000,ko03021 -       -       -       Sigma70_r2,Sigma70_r4_2\nBastante informação! Mas essencialmente semelhante à ferramenta anterior: Temos em cada linha uma sequência de busca advinda do nosso arquivo de montagem, e em cada uma das outras colunas, anotações para diferentes bancos de dados de informação funcional, além de colunas detalhando a qualidade de alinhamnto das nossas sequências à esses identificadores.\nPara mais informações sobre o arquivo de saída do eggNOG-mapper, confira a documentação da ferramenta.",
+    "text": "5.2 eggNOG-mapper\nO eggNOG-mapper é uma ferramenta que realiza anotação funcional de sequências contíguas. Ele usa informação de ortologia e filogenia para transferir identificadores funcionais às sequências. O eggNOG-mapper pode ser executado através de uma interface web mas aqui ilustraremos seu uso na linha de comando.\nPara isso, vamos utilizar as sequências contíguas que montamos anteriormente, na Seção 3.\n\nO eggNOG-mapper pode ser executado da seguinte maneira:\n\nemapper.py \\\n        -m diamond \\\n        --itype metagenome \\\n        -i SRR579292.contigs.fa \\\n        -o eggnog_results/SRR579292 \\\n        --cpu 6\nAs opções que utilizamos foram:\n\n-m: Sinaliza o “modo” de execução do eggnog, neste caso a ferramenta que será utilizada para realizar a busca por sequências. No nosso caso utilizamos o DIAMOND, ferramenta que já conhecemos na Sessão 5.1.1.\n--itype: Sinaliza o tipo de entrada (input) que damos a ferramenta, no nosso caso sequência contíguas originadas de um metagenoma.\n-i: Determina a entrada para a ferramenta.\n-o: Determina para onde deve ser escrita a saída da ferramenta.\n--cpu: O número de núcleos de processamento a serem utilizados pela ferramenta.\n\nUma vez que executamos o eggNOG-mapper, teremos um resultado no seguinte formato (eggnog_results/SRR579292.emapper.annotations):\n#query  seed_ortholog   evalue  score   eggNOG_OGs      max_annot_lvl   COG_category    Description     Preferred_name  GOs     EC      KEGG_ko KEGG_Pathway    KEGG_Module     KEGG_Reaction   KEGG_rclass     BRITE      KEGG_TC CAZy    BiGG_Reaction   PFAMs\nk141_94572      552396.HMPREF0863_01053 4.43e-45        159.0   COG0595@1|root,COG0595@2|Bacteria,1TQ9G@1239|Firmicutes,3VP2V@526524|Erysipelotrichia   526524|Erysipelotrichia S       Psort location Cytoplasmic, score  -       -       -       ko:K12574       ko03018,map03018        -       -       -       ko00000,ko00001,ko01000,ko03019 -       -       -       Lactamase_B,Lactamase_B_2,RMMBL\nk141_47286      1236514.BAKL01000034_gene2896   3.35e-79        254.0   COG5009@1|root,COG5009@2|Bacteria,4NECJ@976|Bacteroidetes,2FNAU@200643|Bacteroidia,4AKYH@815|Bacteroidaceae     976|Bacteroidetes       M COG5009 Membrane carboxypeptidase penicillin-binding protein     mrcA    -       2.4.1.129,3.4.16.4      ko:K05366       ko00550,ko01100,ko01501,map00550,map01100,map01501      -       -       -       ko00000,ko00001,ko01000,ko01003,ko01011    -       GT51    -       Transgly,Transpeptidase\nk141_141858     158189.SpiBuddy_1606    8.08e-76        239.0   COG1593@1|root,COG1593@2|Bacteria,2J6XN@203691|Spirochaetes     203691|Spirochaetes     G       transporter, DctM subunit       -       -       - --       -       -       -       -       -       -       -       DctM\nk141_23643      272563.CD630_25090      3.3e-45 159.0   COG1486@1|root,COG1486@2|Bacteria,1TQ9I@1239|Firmicutes,24995@186801|Clostridia 186801|Clostridia       G       family 4        -       -       3.2.1.122,3.2.1.86 ko:K01222,ko:K01232     ko00010,ko00500,map00010,map00500       -       R00837,R00838,R00839,R05133,R05134,R06113       RC00049,RC00171,RC00714 ko00000,ko00001,ko01000 -       GH4,GT4 -       Glyco_hydro_4,Glyco_hydro_4C\nk141_70929      1122985.HMPREF1991_02897        3.54e-11        65.5    COG1595@1|root,COG1595@2|Bacteria,4NS12@976|Bacteroidetes,2FQ76@200643|Bacteroidia      976|Bacteroidetes       K       RNA polymerase sigma-70 factor     -       -       -       ko:K03088       -       -       -       -       ko00000,ko03021 -       -       -       Sigma70_r2,Sigma70_r4_2\nBastante informação! Mas essencialmente semelhante à ferramenta anterior: Temos em cada linha uma sequência de busca advinda do nosso arquivo de montagem, e em cada uma das outras colunas, anotações para diferentes bancos de dados de informação funcional, além de colunas detalhando a qualidade de alinhamnto das nossas sequências à esses identificadores.\nPara mais informações sobre o arquivo de saída do eggNOG-mapper, confira a documentação da ferramenta.",
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