tiny_md

tiny molecular dynamics

trabajo final de computación paralela 2020 (curso de posgrado - FaMAF, UNC)

Proyecto de speed-up de un código de Dinámica Molecular con un potencial interatómico de Lennard-Jones. Inicialmente se dan las posiciones en un cristal FCC y velocidades aleatorias distribuidas uniformemente según la temperatura inicial. Las fuerzas se obtienen de un potencial de LJ (12-6) y la evolución temporal viene dada por el algoritmo Velocity Verlet. Se consideran condiciones periódicas de contorno para reproducir un sistema infinito. La temperatura es controlada a través de un reescaleo en las velocidades. Cada cierta cantidad de pasos de dinámica molecular se cambia la densidad del sistema y se reescalean las posiciones para obtener la ecuación de estado.

En el directorio proyecto/ se encuentra el desarrollo del trabajo, para más información se puede ver doc/informe.pdf.

En proyecto/proyecto0_cp2021/ está cómo mandé el proyecto inicial para la edición 2021 de Computación paralela.

Requisitos

Para compilar es necesario tener instalado gcc, OpenMP y OpenGL.

Compilación

Para correr la versión final del trabajo es necesario compilar utilizando Makefile en el directorio src/:

cd src/
make clean
make

donde make clean elimina los objetos compilados anteriormente y make compila dos ejecutables: tiny_md y viz, ambos ejecutables realizan la misma simulación pero el segundo posee una visualización en tiempo real.

Nota:

Si se desean cambiar parámetros de entrada de la simulación, puede modificarse el archivo src/in.parameters y recompilar o pasar los valores deseados como argumento a make; por ejemplo, make N=1372 cambia la cantidad de partículas que se simulan.

Ejecución

Previo a la ejecución de tiny_md o viz puede configurarse OpenMP usando, por ejemplo, OMP_PROC_BIND=true y OMP_NUM_THREADS=$i, donde $i es la cantidad de hilos en los que se quiere correr.

Contacto

Por errores, preguntas o sugerencias contactarse con:

• Francisco Fernandez (fernandezfrancisco2195@gmail.com)