Asunto: Tarea 1 Bioinformática
Programa de alineamiento de secuencias de pares utilizando BLOSUM62 y PAM250.
- Busca las secuencias en GenBank.
- Realiza alineamiento global y local de cada par.
- Muestra score y porcentaje de identidad.
Para instalar las bibliotecas requeridas
pip3 install -r requirements.txt
Colocar el nombre de las secuencias en pares que se desean buscar en la base de datos de GenBank en un archivo separados por espacios con formato
acc acc
acc acc
acc acc
En donde: acc: Corresponde al accession number
Ejecutar programa con
python3 main.py -file nucleotide.txt -type nucleotide -format fasta
python3 main.py -file protein.txt -type protein -format fasta
En donde:
- -file: (Obligatorio) Archivo contenedor de las acc.
- -type: (Obligatorio) Base de datos a consultar.
- -format: (Opcional) Formato que se desea usar como fasta, fa, gb, etc.
Link de la API de GenBank https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/develop/api/
Para consultar las bases de datos disponibles https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi