Tarea1-Bioinformatica

Asunto: Tarea 1 Bioinformática

Programa de alineamiento de secuencias de pares utilizando BLOSUM62 y PAM250.

• Busca las secuencias en GenBank.
• Realiza alineamiento global y local de cada par.
• Muestra score y porcentaje de identidad.

Tabla de contenidos

1. Requerimientos
2. Uso
3. Información API GenBank
4. Bases de datos disponibles

Requerimientos

Para instalar las bibliotecas requeridas

pip3 install -r requirements.txt

Uso

Colocar el nombre de las secuencias en pares que se desean buscar en la base de datos de GenBank en un archivo separados por espacios con formato

acc acc
acc acc
acc acc

En donde: acc: Corresponde al accession number

Ejecutar programa con

python3 main.py -file nucleotide.txt -type nucleotide -format fasta


python3 main.py -file protein.txt -type protein -format fasta

En donde:

1. -file: (Obligatorio) Archivo contenedor de las acc.
2. -type: (Obligatorio) Base de datos a consultar.
3. -format: (Opcional) Formato que se desea usar como fasta, fa, gb, etc.

Información API GenBank

Link de la API de GenBank https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/develop/api/

Bases de datos disponibles

Para consultar las bases de datos disponibles https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi