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medizininformatik-initiative/GeMTeX

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GeMTeX

Dieses Repositorium umfasst Arbeiten (v.a. Code) zum Projekt GeMTeX, die nicht gut im Projekt-Confluence abgelegt werden können.

Verschiedene Konfigurationen (json Format), mit denen AHD Pipelines angepasst werden können.

Eine Demo bzw. Machbarkeitsnachweis wie CDA Dokumente Level One über XSLT Stylesheets in HTML oder Plain-Text gewandelt werden können.

Beinhaltet exportierte Basis-Projekte (also im Grunde Konfigurationen der Layer etc.) für INCEpTION, die von den einzelnen Standorten in ihre jeweilige INCEpTION-Instanz importiert werden können. Wenn nicht anders vermerkt, sind darin keine Dokumente vorhanden.

Das Dashboard generiert verschiedene Diagramme für ein INCEpTION-Projekt. In seiner aktuellen Form kann es vom Projektmanager vor Ort verwendet werden, um verschiedene Metriken bezüglich des Fortschritts des Projekts und der Art der Annotationen zu visualisieren. Diese können dann exportiert und an die zentrale Projektleitung geschickt werden. Die Projektleitung kann dann anhand des Dashboards den Fortschritt der Projekte an den unterschiedlichen Standorten vergleichen und nachvollziehen.

Ein Recommender basierend auf dem External INCEpTION Recommender, um in INCEpTION Annotationsvorschläge der Averbis Health Discovery zu generieren.

Ein Python-Programm um xmi im UIMA-CAS-Format von einem Typensystem in ein anderes umzuschreiben (z.B. die Exporte der Analysen der Averbis Health Discovery in eine Layer-Modellierung in INCEpTION). Dabei werden die entsprechenden Mapping-Anweisungen im json-Format angegeben. Eine genauere Beschreibung ist im Unterverzeichnis zu finden.

Hinweis

Änderungen am main branch dieses Repositoriums sind nur durch einen entsprechenden pull request durchführbar.
Fragen oder Anmerkungen zum Repositorium bitte an: franz.matthies@imise.uni-leipzig.de