Merging template updates 2.3.2

[FriederikeHanssen]

PR checklist

• This comment contains a description of changes (with reason).
• If you've fixed a bug or added code that should be tested, add tests!
  • If you've added a new tool - add to the software_versions process and a regex to scrape_software_versions.py
  • If you've added a new tool - have you followed the pipeline conventions in the contribution docs
  • If necessary, also make a PR on the nf-core/sarek branch on the nf-core/test-datasets repository.
• Make sure your code lints (nf-core lint .).
• Ensure the test suite passes (nextflow run . -profile test,docker).
• Usage Documentation in docs/usage.md is updated.
• Output Documentation in docs/output.md is updated.
• CHANGELOG.md is updated.
• README.md is updated (including new tool citations and authors/contributors).

[maxulysse]

just need some changes in the readme and the multiqc_config.yml file

[maxulysse]

<3

[maxulysse]

nf-core lint is failing, but not sure about the issue there

[FriederikeHanssen]

Running it locally I get a different error with nf-core lint:

╭──────────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ Module name                              │ File path                                                    │ Test message                                                                                                                                                                                                                                                 │
├──────────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ ascat                                    │ modules/nf-core/modules/ascat/meta.yml                       │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ controlfreec                             │ modules/nf-core/modules/controlfreec/meta.yml                │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ deeptools/bamcoverage                    │ modules/nf-core/modules/deeptools/bamcoverage/meta.yml       │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ gatk4/gatherpileupsummaries              │ modules/nf-core/modules/gatk4/gatherpileupsummaries/meta.yml │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ gatk4/getpileupsummaries                 │ modules/nf-core/modules/gatk4/getpileupsummaries/meta.yml    │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ gatk4/variantrecalibrator                │ modules/nf-core/modules/gatk4/variantrecalibrator/meta.yml   │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ msisensorpro/msi_somatic                 │ modules/nf-core/modules/msisensorpro/msi_somatic/meta.yml    │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
│ msisensorpro/scan                        │ modules/nf-core/modules/msisensorpro/scan/meta.yml           │ Local copy of module does not match remote                                                                                                                                                                                                                   │
╰──────────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭───────────────────────╮
│ LINT RESULTS SUMMARY  │
├───────────────────────┤
│ [✔] 371 Tests Passed  │
│ [?]   8 Tests Ignored │
│ [!]  15 Test Warnings │
│ [✗]   8 Tests Failed  │
╰───────────────────────╯

Modules are not up to date it seems with prettier,

[maxulysse]

Manage to run the nf-core lint locally on @FriederikeHanssen branch:

╰─≻nf-core lint                                                                           

                                          ,--./,-.
          ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\
    |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  {
    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-,
                                          `._,._,'

    nf-core/tools version 2.3.2 - https://nf-co.re


INFO     Testing pipeline: .                                                                                                                                                                                                   __init__.py:243
╭────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ General lint results                                                                                                                                                                                                                       │
╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ [?] 8 Tests Ignored                                                                                                                                                                                                                        │
├────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: .github/PULL_REQUEST_TEMPLATE.md                                                                                                                                                         │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: .github/workflows/branch.yml                                                                                                                                                             │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: .github/workflows/linting_comment.yml                                                                                                                                                    │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: .github/workflows/linting.yml                                                                                                                                                            │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: assets/nf-core-sarek_logo_light.png                                                                                                                                                      │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: docs/images/nf-core-sarek_logo_light.png                                                                                                                                                 │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: docs/images/nf-core-sarek_logo_dark.png                                                                                                                                                  │
│ files_unchanged: File ignored due to lint config: lib/NfcoreTemplate.groovy                                                                                                                                                                │
╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ [!] 7 Test Warnings                                                                                                                                                                                                                        │
├────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ pipeline_todos: TODO string in awsfulltest.yml: You can customise AWS full pipeline tests as required                                                                                                                                      │
│ pipeline_todos: TODO string in test_full.config: Specify the paths to your full test data ( on nf-core/test-datasets or directly in repositories, e.g. SRA)                                                                                │
│ pipeline_todos: TODO string in test_full.config: Give any required params for the test so that command line flags are not needed                                                                                                           │
│ pipeline_todos: TODO string in test_full.config: Specify the paths to your full test data ( on nf-core/test-datasets or directly in repositories, e.g. SRA)                                                                                │
│ pipeline_todos: TODO string in test_full.config: Give any required params for the test so that command line flags are not needed                                                                                                           │
│ schema_description: No description provided in schema for parameter: umi_read_structure                                                                                                                                                    │
│ schema_description: No description provided in schema for parameter: group_by_umi_strategy                                                                                                                                                 │
╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ Module lint results                                                                                                                                                                                                                        │
╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ [!] 2 Test Warnings                                                                                                                                                                                                                        │
╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭──────────────────────────────────────────┬───────────────────────────────────────────────┬─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ Module name                              │ File path                                     │ Test message                                                                                                                                    │
├──────────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ deeptools/bamcoverage                    │ modules/nf-core/modules/deeptools/bamcoverage │ New version available                                                                                                                           │
│ samtools/mpileup                         │ modules/nf-core/modules/samtools/mpileup      │ New version available                                                                                                                           │
╰──────────────────────────────────────────┴───────────────────────────────────────────────┴─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭───────────────────────╮
│ LINT RESULTS SUMMARY  │
├───────────────────────┤
│ [✔] 385 Tests Passed  │
│ [?]   8 Tests Ignored │
│ [!]   9 Test Warnings │
│ [✗]   0 Tests Failed  │
╰───────────────────────╯

I have no idea what is the issue...

[FriederikeHanssen]

yep, also not sure why Markdownlint and YAML is still not running 😞

[ewels]

yep, also not sure why Markdownlint and YAML is still not running 😞

These no longer exist after the latest pipeline template sync. They must be set as required tests in the repo settings for the protected branch, which is why they show up as "Expected"

[maxulysse]

yep, also not sure why Markdownlint and YAML is still not running disappointed

These no longer exist after the latest pipeline template sync. They must be set as required tests in the repo settings for the protected branch, which is why they show up as "Expected"

good catch, I'll remove them right away

[ewels]

Just done it :)

[maxulysse]

Just done it :)

Saw it, but I added Prettier