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@yanbing-j
yanbing-j committed Jul 1, 2022
1 parent fcd08fb commit 0a0d349
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Showing 3 changed files with 119 additions and 37 deletions.
118 changes: 118 additions & 0 deletions benchmark/citation/inference.sh
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,118 @@
#!/bin/sh

echo "Cora"
echo "===="

echo "GCN"
python gcn.py --dataset=Cora --inference=True
python gcn.py --dataset=Cora --random_splits=True --inference=True
python gcn.py --dataset=Cora --inference=True --profile=True
python gcn.py --dataset=Cora --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "GAT"
python gat.py --dataset=Cora --inference=True
python gat.py --dataset=Cora --random_splits=True --inference=True
python gat.py --dataset=Cora --inference=True --profile=True
python gat.py --dataset=Cora --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "Cheby"
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --inference=True
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --random_splits=True --inference=True
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --inference=True --profile=True
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "SGC"
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --inference=True
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True --inference=True
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --inference=True --profile=True
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "ARMA"
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=2 --num_layers=1 --shared_weights=True --inference=True
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True --inference=True
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=2 --num_layers=1 --shared_weights=True --inference=True --profile=True
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "APPNP"
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --inference=True
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --inference=True --profile=True
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "CiteSeer"
echo "========"

echo "GCN"
python gcn.py --dataset=CiteSeer --inference=True
python gcn.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True --inference=True
python gcn.py --dataset=CiteSeer --inference=True --profile=True
python gcn.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "GAT"
python gat.py --dataset=CiteSeer --inference=True
python gat.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True --inference=True
python gat.py --dataset=CiteSeer --inference=True --profile=True
python gat.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "Cheby"
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=2 --inference=True
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=3 --random_splits=True --inference=True
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=2 --inference=True --profile=True
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=3 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "SGC"
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --inference=True
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --random_splits=True --inference=True
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --inference=True --profile=True
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "ARMA"
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --inference=True
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True --inference=True
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --inference=True --profile=True
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "APPNP"
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --inference=True
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --inference=True --profile=True
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "PubMed"
echo "======"

echo "GCN"
python gcn.py --dataset=PubMed --inference=True
python gcn.py --dataset=PubMed --random_splits=True --inference=True
python gcn.py --dataset=PubMed --inference=True --profile=True
python gcn.py --dataset=PubMed --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "GAT"
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --inference=True
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --random_splits=True --inference=True
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --inference=True --profile=True
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "Cheby"
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --inference=True
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --random_splits=True --inference=True
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --inference=True --profile=True
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "SGC"
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --inference=True
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True --inference=True
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --inference=True --profile=True
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "ARMA"
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0 --inference=True
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0.5 --random_splits=True --inference=True
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0 --inference=True --profile=True
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0.5 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "APPNP"
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --inference=True
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --inference=True --profile=True
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True --profile=True
36 changes: 0 additions & 36 deletions benchmark/citation/run.sh
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -6,113 +6,77 @@ echo "===="
echo "GCN"
python gcn.py --dataset=Cora
python gcn.py --dataset=Cora --random_splits=True
python gcn.py --dataset=Cora --inference=True --profile=True
python gcn.py --dataset=Cora --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "GAT"
python gat.py --dataset=Cora
python gat.py --dataset=Cora --random_splits=True
python gat.py --dataset=Cora --inference=True --profile=True
python gat.py --dataset=Cora --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "Cheby"
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --random_splits=True
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --inference=True --profile=True
python cheb.py --dataset=Cora --num_hops=3 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "SGC"
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --inference=True --profile=True
python sgc.py --dataset=Cora --K=3 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "ARMA"
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=2 --num_layers=1 --shared_weights=True
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=2 --num_layers=1 --shared_weights=True --inference=True --profile=True
python arma.py --dataset=Cora --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "APPNP"
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --random_splits=True
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --inference=True --profile=True
python appnp.py --dataset=Cora --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "CiteSeer"
echo "========"

echo "GCN"
python gcn.py --dataset=CiteSeer
python gcn.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True
python gcn.py --dataset=CiteSeer --inference=True --profile=True
python gcn.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "GAT"
python gat.py --dataset=CiteSeer
python gat.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True
python gat.py --dataset=CiteSeer --inference=True --profile=True
python gat.py --dataset=CiteSeer --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "Cheby"
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=2
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=3 --random_splits=True
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=2 --inference=True --profile=True
python cheb.py --dataset=CiteSeer --num_hops=3 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "SGC"
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --random_splits=True
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --inference=True --profile=True
python sgc.py --dataset=CiteSeer --K=2 --weight_decay=0.005 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "ARMA"
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --inference=True --profile=True
python arma.py --dataset=CiteSeer --num_stacks=3 --num_layers=1 --shared_weights=True --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "APPNP"
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --random_splits=True
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --inference=True --profile=True
python appnp.py --dataset=CiteSeer --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "PubMed"
echo "======"

echo "GCN"
python gcn.py --dataset=PubMed
python gcn.py --dataset=PubMed --random_splits=True
python gcn.py --dataset=PubMed --inference=True --profile=True
python gcn.py --dataset=PubMed --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "GAT"
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --random_splits=True
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --inference=True --profile=True
python gat.py --dataset=PubMed --lr=0.01 --weight_decay=0.001 --output_heads=8 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "Cheby"
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --random_splits=True
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --inference=True --profile=True
python cheb.py --dataset=PubMed --num_hops=2 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "SGC"
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --inference=True --profile=True
python sgc.py --dataset=PubMed --K=2 --weight_decay=0.0005 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "ARMA"
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0.5 --random_splits=True
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0 --inference=True --profile=True
python arma.py --dataset=PubMed --num_stacks=2 --num_layers=1 --skip_dropout=0.5 --random_splits=True --inference=True --profile=True

echo "APPNP"
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --random_splits=True
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --inference=True --profile=True
python appnp.py --dataset=PubMed --alpha=0.1 --random_splits=True --inference=True --profile=True
2 changes: 1 addition & 1 deletion benchmark/citation/sgc.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -38,7 +38,7 @@ def forward(self, data):

dataset = get_planetoid_dataset(args.dataset, args.normalize_features)
permute_masks = random_planetoid_splits if args.random_splits else None
print("gcn-{}-{}:".format(args.dataset, args.random_splits), end=' ')
print("sgc-{}-{}:".format(args.dataset, args.random_splits), end=' ')
run(dataset, Net(dataset), args.runs, args.epochs, args.lr, args.weight_decay,
args.early_stopping, args.inference, args.profile, permute_masks)

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