Api #13
Api #13
Conversation
|
|
||
| class Compound(BaseModel): | ||
| CID: int | ||
| MolecularFormula: str |
There was a problem hiding this comment.
Ты не вводила тип smiles или что-то вроде того?
There was a problem hiding this comment.
Ты не вводила тип smiles или что-то вроде того?
ну в pydantic модели этой оно есть как CanonicalSMILES, но отдельный тип не вводила, потому что я хз как ему его от лычной строки отличать
| MolecularWeight: float | ||
| CanonicalSMILES: str | ||
| InChI: str | ||
| IUPACName: Optional[str] = None |
There was a problem hiding this comment.
Название по ИЮПАК может и не встретиться?
There was a problem hiding this comment.
Название по ИЮПАК может и не встретиться?
угу, это чисто если в данных скачанных с pubchem у конкретного вещества его не было
| RotatableBondCount: int | ||
| AtomStereoCount: int | ||
| BondStereoCount: int | ||
| Volume3D: Optional[float] = None |
There was a problem hiding this comment.
У предыдущих параметров всегда есть значение, а у Volume3D может не быть?
There was a problem hiding this comment.
У предыдущих параметров всегда есть значение, а у Volume3D может не быть?
анализ коллекции показал, что так - видимо как-то сложнее его считать и для некоторых соединений pubchem его не предоставляет 🤷♀️
| StandardDeviation: Optional[float] = None | ||
|
|
||
|
|
||
| class CompoundSummary(BaseModel): |
There was a problem hiding this comment.
А что за класс? Он для пула выбранных молекул считает среднее и отклонение?
There was a problem hiding this comment.
А что за класс? Он для пула выбранных молекул считает среднее и отклонение?
у меня тут 2 ручки - первая выдает просто все записи из коллекции, которые подошли по подструктуре (ограниченные параметрами пагинации), вторая берет данные подструктурного поиска и считает для них среднее и отклонение. Короче ты права)
| return [skip_, limit_] | ||
| def run_search(smiles: str) -> List[str]: | ||
| """ | ||
| Функция генерирует объект молекулы для работы rdkit, после этот объект используется для |
There was a problem hiding this comment.
У тебя во всем репо докстринги на русском?
There was a problem hiding this comment.
У тебя во всем репо докстринги на русском?
да, я просто в какой-то момент устала грамматику проверять и изменила на русский - в будущем планирую поменять, но после реализации всей логики
| result = run_search(smiles) | ||
| pipeline = paging_pipeline(result, skip, limit) | ||
| cursor = properties.aggregate(pipeline) | ||
| return cursor | ||
|
|
||
|
|
||
| @timer |
There was a problem hiding this comment.
Это чтобы в логи записывать?
Кстати, вроде логов у тебя нет, было бы хорошо их добавить, чтобы потом понимать, что происходило, если что-то сломается. С помощью loguru это просто сделать
There was a problem hiding this comment.
Это чтобы в логи записывать?
Кстати, вроде логов у тебя нет, было бы хорошо их добавить, чтобы потом понимать, что происходило, если что-то сломается. С помощью loguru это просто сделать
надо бы.. видимо в пул задач надо записать это
| type=click.Choice(["PROD", "DEV"], case_sensitive=False), | ||
| help="Опция, позволяющая выбирать конфигурационный файл, содержащий переменные окружения, " | ||
| "который также определяет настройки базы данных.", | ||
| "--database", type=click.Choice(["PROD", "DEV"], case_sensitive=False), |
There was a problem hiding this comment.
Если выбрать PROD, и воспользоваться загрузкой данных в монгу, то человек будет сразу в прод писать?
There was a problem hiding this comment.
Если выбрать PROD, и воспользоваться загрузкой данных в монгу, то человек будет сразу в прод писать?
ну тк база используется локальная, то у него просто в донги две базы: одна – тестовая, вторая – побогаче, типа прод. Вообще надо бы у Никиты после отпуска спросить, как это лучше настроить, но пока я ориентируюсь на то, что база локальная
| ) | ||
| @click.option( | ||
| "--drop", | ||
| is_flag=True, | ||
| help="Если опция '--drop' указана, то коллекция будет очищена.", | ||
| help='Если опция "--drop" указана, то база будет очищена.', |
There was a problem hiding this comment.
Коллекция или база? В хелпе написано "--drop" удаляет все коллекции в базе
There was a problem hiding this comment.
Коллекция или база? В хелпе написано
"--drop" удаляет все коллекции в базе
есть 2 базы: тестовая и основаная - в них все три коллекции по сути одинаковые, только разное количество документов (у меня в тестовой 100тыс, во второй 2 млн). Тестовая нужна, чтобы не испортить чего случайно, иначе повторная загрузка большого количества документов и расчет фингерпринтов для такой базы будут очень долгими
|
|
||
| def drop_db(db: Database) -> None: | ||
|
|
||
| def drop_db(setup: Settings) -> None: |
There was a problem hiding this comment.
А зачем это нужно? Я так понимаю, это делается для создания уникальных индексов? Можно кейс использования, пожалуйста
There was a problem hiding this comment.
А зачем это нужно? Я так понимаю, это делается для создания уникальных индексов? Можно кейс использования, пожалуйста
это как раз про предыдущий коммент, где записи загружаются в базу: иногда может хотеться удалить все (если что-то там подпортил) и загрузить в базу с теми же настройками набор данных. Эта функция драпает все и создает необходимые коллекции и индексы заново
внесены правки в настройки проекта, служебные файлы, README, а также модели ответа api и операции с базой данных. Опять большой poetry.lock