merge master(parent-> improvements) to mongo-rdkit #9

vvrubel · 2021-07-14T07:56:08Z

Этот pr будет о том как смержила ветку mongo-rdkit и improvements
poetry.lock опять за свое ~1,122

churnikov · 2021-07-14T08:37:34Z

.env.sample

+MONGO_TEST_COLLECTION=""
+MONGO_TEST_SCHEMA_COLLECTION=""


А
Что?
Почему так?

Если хочешь другие значения для тестирования использовать, то просто другой .env файл используй

А
Что?
Почему так?

Если хочешь другие значения для тестирования использовать, то просто другой .env файл используй

а есть где посмотреть, как settinngs.py примерно будет выглядеть с двумя .env файлами?

Ты можешь менять в тестах на нужный .env файл, как описано в пункте 2
https://pydantic-docs.helpmanual.io/usage/settings/#dotenv-env-support

churnikov · 2021-07-14T08:38:04Z

README.md

@@ -196,8 +192,23 @@ Options:
 `conda` для разрешения своих зависимостей.  Но в данном проекте было решено реализовать 
 управление зависимостями этих библиотек с использованием `poetry`.  
 Если вы хотите использовать окружение конды и вам хочется узнать, как установить `conda` рядом с 
-`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).
+`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).  


Suggested change

`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).

`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).

Suggested change
pyenv наиболее безболезненно – читайте тут.
pyenv наиболее безболезненно – читайте тут.

ты пробел убрал?

Да
Это видно по этой фиговине
Удалено 2 пробела

churnikov · 2021-07-14T08:39:43Z

molecad/data/console/cli.py

-
-
-@cli.command(
+@pubchem_to_db.command(


Ох уж эти мелкие рефакторинги

Ох уж эти мелкие рефакторинги

каюсь...

churnikov · 2021-07-14T08:41:53Z

molecad/data/db.py

+    q_mol = Chem.MolFromSmiles(sub_smiles)
+    substructure.AddPatternFingerprints(rdkit_schema)
+    index_lst = substructure.SubSearch(q_mol, rdkit_schema, chirality=False)
+    # index_lst = substructure.SubSearchNaive(q_mol, rdkit_schema, chirality=False)


Ну ты поняла, да?)

Ну ты поняла, да?)

ды

molecad/data/db.py

churnikov · 2021-07-14T08:44:30Z

molecad/data/downloader.py

-    ``build_url``; по умолчанию - ``Out.JSON``.
-    .. note:: В текущей версии сервиса получение ответа от сервера возможно только в формате JSON.
-    :return: URL-адрес, который используется для запроса в базу данных Pubchem.
+    :param ids: Последовательность из значений одинакового типа, которые интерпретируются как


Почему так сильно поменялось
Тут есть что-то важное?

Почему так сильно поменялось
Тут есть что-то важное?

было много функций, которые делали одно и тоже, и затрудняли понимание кода на мой взгляд, я их сжала в одну. Только почему-то git не показывает удаленные кроме докстрингов у меня..

Понятно

churnikov · 2021-07-14T08:49:42Z

molecad/main.py

+@app.get("/v1/compound", response_model=List[Molecule])
+def get_compounds(smiles: str, skip: int, limit: int) -> List[Molecule]:
+    return search(smiles)[skip:][:limit]


Если эта ручка ещё не актуальна, то убери этот код вообще отсюда

Если эта ручка ещё не актуальна, то убери этот код вообще отсюда

ок

churnikov · 2021-07-14T10:53:54Z

.env.sample

+MONGO_TEST_COLLECTION=""
+MONGO_TEST_SCHEMA_COLLECTION=""


Ты можешь менять в тестах на нужный .env файл, как описано в пункте 2
https://pydantic-docs.helpmanual.io/usage/settings/#dotenv-env-support

churnikov · 2021-07-14T10:54:40Z

README.md

@@ -196,8 +192,23 @@ Options:
 `conda` для разрешения своих зависимостей.  Но в данном проекте было решено реализовать 
 управление зависимостями этих библиотек с использованием `poetry`.  
 Если вы хотите использовать окружение конды и вам хочется узнать, как установить `conda` рядом с 
-`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).
+`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).  


Да
Это видно по этой фиговине
Удалено 2 пробела

churnikov · 2021-07-14T10:55:14Z

molecad/data/db.py

+    q_mol = Chem.MolFromSmiles(sub_smiles)
+    substructure.AddPatternFingerprints(rdkit_schema)
+    index_lst = substructure.SubSearch(q_mol, rdkit_schema, chirality=False)
+    # index_lst = substructure.SubSearchNaive(q_mol, rdkit_schema, chirality=False)


Ну ты поняла, да?)

churnikov · 2021-07-14T10:55:35Z

molecad/data/downloader.py

-    ``build_url``; по умолчанию - ``Out.JSON``.
-    .. note:: В текущей версии сервиса получение ответа от сервера возможно только в формате JSON.
-    :return: URL-адрес, который используется для запроса в базу данных Pubchem.
+    :param ids: Последовательность из значений одинакового типа, которые интерпретируются как


Понятно

churnikov · 2021-07-14T10:55:46Z

molecad/data/downloader.py

    """
+    #TODO


А что за TODO?

А что за TODO?

тоже забыла убрать заметку

vvrubel

скоро будет коммит

vvrubel · 2021-07-14T11:15:48Z

molecad/data/downloader.py

    """
+    #TODO


А что за TODO?

тоже забыла убрать заметку

vvrubel · 2021-07-14T11:16:09Z

molecad/data/db.py

+    q_mol = Chem.MolFromSmiles(sub_smiles)
+    substructure.AddPatternFingerprints(rdkit_schema)
+    index_lst = substructure.SubSearch(q_mol, rdkit_schema, chirality=False)
+    # index_lst = substructure.SubSearchNaive(q_mol, rdkit_schema, chirality=False)


Ну ты поняла, да?)

ды

… окружения

NEW: теперь при загрузке данных в базу с помощью команды `populate`, сразу генерируются предварительные настройки базы для api

churnikov

Можешь забить на коменты, если что
Время поджимает

churnikov · 2021-07-16T16:20:01Z

README.md


 Options:
-  --help  Show this message and exit.
+  --setup [PROD|DEV]  Опция, позволяющая выбирать конфигурационный файл,


Suggested change

--setup [PROD|DEV] Опция, позволяющая выбирать конфигурационный файл,

--env [PROD|DEV] Опция, позволяющая выбирать конфигурационный файл,

Принято так это называть

churnikov · 2021-07-16T16:21:06Z

molecad/cli.py

+    "сохранения полученной информации в файлы формата JSON. Также с помощью утилиты можно "
+    "загружать полученные данные в базу MongoDB и подготавливать их для поиска молекул."
+    "Для выполнения команд, которые устанавливают соединение с базой данных, необходимо "
+    "указать опцию --prod/--dev для выбора рабочей базы.",


Ошибка

churnikov · 2021-07-16T16:23:40Z

molecad/validator.py

+        return all(isinstance(tag, PropertyTags) for tag in tags)
+
+
+def check_smiles(smiles) -> None:


This reverts commit a4edac8.

vvrubel added 9 commits July 8, 2021 18:27

WIP: операции над базой

97a25c2

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into mongo-rdkit

de444be

smiles search endpoint

b8bc279

UPD: имя файла

f47ba97

search file

5ef87b7

WIP: операции с базой данных

74fb408

WIP: операции с базой данных

40f5166

WIP: операции с базой данных

b423efe

Merge branch 'master' into merge_rdkit_w_improvements

ea8b5a6

vvrubel requested a review from churnikov July 14, 2021 07:56

churnikov requested changes Jul 14, 2021

View reviewed changes

churnikov reviewed Jul 14, 2021

View reviewed changes

vvrubel commented Jul 14, 2021

View reviewed changes

vvrubel added 3 commits July 14, 2021 21:40

NEW: структура проекта, отдельные конфигурационные файлы для dev/prod…

edc4da8

… окружения

WIP: агрегация для поиска

c121727

vvrubel requested a review from churnikov July 15, 2021 21:30

churnikov approved these changes Jul 16, 2021

View reviewed changes

vvrubel added 2 commits July 16, 2021 19:53

NEW: запросы в базу

a4edac8

Revert "NEW: запросы в базу"

e835576

This reverts commit a4edac8.

vvrubel merged commit f6ea810 into master Jul 16, 2021

vvrubel deleted the db_requests branch August 8, 2021 12:05

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

merge master(parent-> improvements) to mongo-rdkit #9

merge master(parent-> improvements) to mongo-rdkit #9

vvrubel commented Jul 14, 2021 •

edited

Loading

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

churnikov Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

vvrubel left a comment

vvrubel Jul 14, 2021

vvrubel Jul 14, 2021

churnikov left a comment

churnikov Jul 16, 2021

churnikov Jul 16, 2021

churnikov Jul 16, 2021

	`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).
	`pyenv` наиболее безболезненно – читайте [тут](https://confluence.biocad.ru/x/vi1QCw).

	--setup [PROD\|DEV] Опция, позволяющая выбирать конфигурационный файл,
	--env [PROD\|DEV] Опция, позволяющая выбирать конфигурационный файл,

		return all(isinstance(tag, PropertyTags) for tag in tags)


		def check_smiles(smiles) -> None:

		MONGO_TEST_COLLECTION=""
		MONGO_TEST_SCHEMA_COLLECTION=""



		@cli.command(
		@pubchem_to_db.command(

		MONGO_TEST_COLLECTION=""
		MONGO_TEST_SCHEMA_COLLECTION=""

merge master(parent-> improvements) to mongo-rdkit #9

merge master(parent-> improvements) to mongo-rdkit #9

Conversation

vvrubel commented Jul 14, 2021 • edited Loading

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

vvrubel left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

churnikov left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

vvrubel commented Jul 14, 2021 •

edited

Loading