hse22_hw1

Обязательная часть

Создание ссылок

ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oil_R1.fastq
ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oil_R2.fastq
ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oilMP_S4_L001_R1_001.fastq
ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oilMP_S4_L001_R2_001.fastq

Выбор случайных чтений

seqtk sample -s116 oil_R1.fastq 5000000 > sub1.fastq
seqtk sample -s116 oil_R2.fastq 5000000 > sub2.fastq
seqtk sample -s116 oilMP_S4_L001_R1_001.fastq 1500000 > mps1.fastq
seqtk sample -s116 oilMP_S4_L001_R2_001.fastq 1500000 > mps2.fastq

Оценка качества и статистика по исходным чтениям

Создаём папки с результатами работы fastQC и multiQC:

mkdir hw1-fastqc-results && mkdir hw1-multiqc-results

Получаем чтения с помощью fastQc:

ls sub* mps* | xargs -tI{} fastqc -o \hw1-fastqc-results {}

Выполняем анализ через multiQC:

multiqc -o \hw1-multiqc-results \hw1-fastqc-results

Результаты для неподрезанных чтений:

Подрезаем чтения:

platanus_trim sub*

Удаляем адаптеры:

platanus_internal_trim mps*

Удаляем исходные файлы:

rm sub1.fastq sub2.fastq mps1.fastq mps2.fastq

Создаём папки статистик для подрезанных данных:

mkdir hw1-fastqc-trimmed-results && mkdir hw1-multiqc-trimmed-results

Снова запускаем fastQC...:

ls sub* mps*| xargs -tI{} fastqc -o \hw1-fastqc-trimmed-results {}

...и multiQC:

multiqc -o \hw1-multiqc-trimmed-results \hw1-fastqc-trimmed-results

Результаты для подрезанных чтений:

Контиги и скаффолды

Собираем контиги с помощью platanus assemble:

time platanus assemble -o Poil -f sub1.fastq.trimmed sub2.fastq.trimmed 2> assemble.log

По контигам и подрезанным чтениям собираем через platanus scaffold:

time platanus scaffold -o Poil -c Poil_contig.fa -IP1 sub1.fastq.trimmed sub2.fastq.trimmed -OP2 mps1.fastq.int_trimmed mps2.fastq.int_trimmed 2> scaffold.log

Затем уменьшаем количество гэпов на основе подрезанных чтений с помощью platanus gap_close:

time platanus gap_close -o Poil -c Poil_scaffold.fa -IP1 sub1.fastq.trimmed sub2.fastq.trimmed -OP2 mps1.fastq.int_trimmed mps2.fastq.int_trimmed 2> gapclose.log

Все результаты основной части по контигам и скаффолдам доступны по ссылке на блокнот Google Collab: https://colab.research.google.com/drive/1Iid_pEq7sm3mQu4fIr-iGaPL-jPPaJO_?usp=sharing

Заключительный этап

Удаляем подрезанные чтения:

rm mps* && rm sub*

Эстетичности и порядка ради переносим всё в директорию hw1:

mkdir hw1
mv *.log hw1/ && mv hw1-* hw1/ && mv oil* hw1/ && mv Poil* hw1/