some scripts for myself ! any question issue me!
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#GFAP-linux2.py 使用
GFAP 是一款新的植物基因功能注释的软件，我常用于KEGG和GO的分析工作。
但是原脚本限制只能在程序的目录进行使用，当我进行多个基因组的注释时，会遇到很多问题。因此，我尝试进行了代码的补充。
1.可以在任意工作目录使用
2.可以指定输出文件目录
3.运行日志，进行了存放，以保持页面整洁。
示例： python3 ~/biosoft/GFAP-linux/GFAP-linux2.py -go -pfam -kegg -awd nr -cpu 20 -qp test.fa -o gfap-nr
差异表达分析 #上游数据检查：check_data.Rscript
Rscript ~/bin/check_data.Rscript featureCounts.counts featureCounts.tpm samples.txt
#下游富集分
Rscript ~/bin/gene_enrichment_analysis.R msc.higherThan.pc.DESeq2.xls msc.higherThan.pc
Rscript ~/bin/gene_enrichment_analysis2.R sui.higherThan.pc sui.lowerThan.pc
#两组的文件前缀，前一步
#GSEA分析
Rscript ~/bin/gsea_kegg-analysis.R rnaseq.tsv.control_vs_mite.edgeR.DE_results control_vs_mite
#基因家族分析 python ~/bin/parse_pfam.py Pfam.tab2
python ~/bin/pfam-filter.py PFAM_Domain1.tab PFAM_Domain2.tab pfam
python ~/bin/run_pfam.py -i blast-result -o pfam-result --cpu 10 --hmm-db ~/database/pfam/Pfam-A.hmm