如何使用集群

1. 账号申请

联系管理员创建账号密码（如zhangsan/123456）

2. 远程客户端及传输软件安装

2.1 下载及安装

推荐Xshell和Xftp
下载地址：https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/

2.2 连接

以Xshell为例，打开软件,点击左上角 ‘新建’，依次填写名称、主机及端口号

名称	主机	端口号
自定义	...	22

点击左上角的“用户身份验证”，依次填写管理员提供的用户名和密码，点击确定，连接成功。
Xftp类同。

3. 集群概况

3.1 集群资源

属性	Queue	nodes	memory	cpu	storage
数量	2	15	11	640C	473T

queue目前有两个：batch和fat，fat的内存较大。

3.2 集群拓扑结构

4. 集群操作

4.1 集群常用命令

  vnodes  # 查看集群各节点资源   
  qnodes  # 查看节点上的队列信息    
  pestat  # 查看各节点当前状态   
  showq   # 查看队列   
  

4.2 linux常用命令

  df -Th     # 查看磁盘大小   
  ls -a      # 显示当前文件夹下所有文件，包含.files    
  less file  # 浏览文件file  
  free -g    # 查看机器内存情况
  top        # 显示系统中各个进程的资源占用状况  
  

5. 任务操作

5.1 新建任务

pbs任务实例，cat MyPBS.pbs

#!/bin/bash

### Set job name，for example MyPBS  
#PBS -l walltime=9000:00:00
#PBS -V
#PBS -N MyPBS

### set output files
#PBS -o MyPBS.stdout       
#PBS -e MyPBS.stderr     

### set queue name  
#PBS -q batch

###set number of nodes,for example one node with 4 cpu.And you can specify the node: #PBS -l nodes=cu01:ppn=4 

#PBS -l nodes=1:ppn=4 
#the following is you own code
samtools index pb.map.bam
…..

注意：申请cpu大小修改ppn参数的值，可以用nodes=cu01指定计算节点。

5.2 提交任务

qsub MyPBS.pbs

5.3 查看任务

qstat -an

5.4 删除任务

qdel YourJobID

6. 集群使用注意事项

★集群使用规范
1)个人账号只限个人使用，严谨将账号和密码泄露给外人；
2)严谨使用集群进行项目无关的任何活动和行为；
3)人员发生调动时，请调动人员做好数据备份和移交，管理员及时清理；
4)私有数据和程序需存放在用户目录下，不能放在共有目录或他人目录下；
5)注意程序生成文件的路径，务必放在自己的目录下，如果不慎放在其他目录，及时删除；
6)资源按需申请，避免浪费；
7)不得随意创建定时任务；
8)一般使用队列batch，如需使用fat队列需提前告知相关老师；
9)如执行vnodes显示资源充足，但是提交作业后一直处于排队状态，联系管理员刷新资源管理器，释放资源；
10)如果作业运行时间较长，定时检查自己的作业是否有卡死或者极大消耗内存的问题，并及时删除有问题的作业；
11)批量提交作业时，先少量测试，没有问题再大量提交；
12)多用压缩文件或二进制文件（fq.gz,bam）；
13)多用管道少保留中间文件；
14)不用的数据及时删除；
15)如误删文件，及时联系管理员恢复；
16)如删除文件较大，可将需删除的文件mv到用户所在目录的WillDelete文件夹中，管理员负责定时清理；
17)删除文件数量较多时，建议分批删除，避免I/O错误，若删除文件较大时，及时通知管理员释放回收站；
18)由于资源紧张（兴庆），垃圾回收站只保留24小时内的文件，如有误删操作，及时联系管理员恢复。