-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 10
Datasets and trained models preloaded on CDeep3M via Amazon AWS Cloud
Chris Churas edited this page Aug 1, 2018
·
9 revisions
As a convenience a few datasets have been preloaded into the virtual machine launched by Launching CDeep3m via AWS CloudFormation
The Mito test sample dataset is a very small dataset with 20 training images and labels along with 5 additional images that can be used to test the prediction. Each image is 1,024 x 1,024 pixels and is a 8-bit grayscale png file. The label images have 0 intensity for background and 1 intensity for features to be segmented.
This dataset is also distributed with the CDeep3M source code as well as the released tarball.
Location on virtual machine: /home/ubuntu/cdeep3m/mito_testsample
- testset -- contains 5 test images
- images -- contains 20 training images
- labels -- contains 20 label images that tell CDeep3M what features in the training images to segment.
Output of tree command on directory
mito_testsample/
├── testset
│ ├── images.081.png
│ ├── images.082.png
│ ├── images.083.png
│ ├── images.084.png
│ └── images.085.png
└── training
├── images
│ ├── images.010.png
│ ├── images.011.png
│ ├── images.012.png
│ ├── images.013.png
│ ├── images.014.png
│ ├── images.015.png
│ ├── images.016.png
│ ├── images.017.png
│ ├── images.018.png
│ ├── images.019.png
│ ├── images.020.png
│ ├── images.021.png
│ ├── images.022.png
│ ├── images.023.png
│ ├── images.024.png
│ ├── images.025.png
│ ├── images.026.png
│ ├── images.027.png
│ ├── images.028.png
│ └── images.029.png
└── labels
├── mitos_3D.010.png
├── mitos_3D.011.png
├── mitos_3D.012.png
├── mitos_3D.013.png
├── mitos_3D.014.png
├── mitos_3D.015.png
├── mitos_3D.016.png
├── mitos_3D.017.png
├── mitos_3D.018.png
├── mitos_3D.019.png
├── mitos_3D.020.png
├── mitos_3D.021.png
├── mitos_3D.022.png
├── mitos_3D.023.png
├── mitos_3D.024.png
├── mitos_3D.025.png
├── mitos_3D.026.png
├── mitos_3D.027.png
├── mitos_3D.028.png
└── mitos_3D.029.png
4 directories, 45 filesThis dataset comprises of 80 training images and labels as well as a model trained with 30,000 iterations by CDeep3M runtraining.sh
Location on virtual machine: /home/ubuntu/cdeep3m/sbem
- sbem/mitochrondria/xy5.9nm40nmz/images -- 80 training images
- sbem/mitochrondria/xy5.9nm40nmz/labels -- 80 training labels
- sbem/mitochrondria/xy5.9nm40nmz/30000iterations_train_out -- trained model that has structure like output of runtraining.sh so it can be used as input for runprediction.sh
Output of tree command on directory
sbem/
└── mitochrondria
└── xy5.9nm40nmz
├── 30000iterations_train_out
│ ├── 1fm
│ │ ├── deploy.prototxt
│ │ ├── label_class_selection.prototxt
│ │ ├── log
│ │ │ ├── caffe.bin.INFO
│ │ │ ├── caffe.bin.ip-172-31-21-154.ubuntu.log.INFO.20180228-001230.26708
│ │ │ └── out.log
│ │ ├── solver.prototxt
│ │ ├── trainedmodel
│ │ │ ├── 1fm_classifer_iter_30000.caffemodel
│ │ │ └── 1fm_classifer_iter_30000.solverstate
│ │ ├── train_file.txt
│ │ ├── train_val.prototxt
│ │ └── valid_file.txt
│ ├── 3fm
│ │ ├── deploy.prototxt
│ │ ├── label_class_selection.prototxt
│ │ ├── log
│ │ │ ├── caffe.bin.INFO
│ │ │ ├── caffe.bin.ip-172-31-21-154.ubuntu.log.INFO.20180228-001514.26775
│ │ │ └── out.log
│ │ ├── solver.prototxt
│ │ ├── trainedmodel
│ │ │ ├── 3fm_classifer_iter_30000.caffemodel
│ │ │ └── 3fm_classifer_iter_30000.solverstate
│ │ ├── train_file.txt
│ │ ├── train_val.prototxt
│ │ └── valid_file.txt
│ ├── 5fm
│ │ ├── deploy.prototxt
│ │ ├── label_class_selection.prototxt
│ │ ├── log
│ │ │ ├── caffe.bin.INFO
│ │ │ ├── caffe.bin.ip-172-31-21-154.ubuntu.log.INFO.20180228-001603.26818
│ │ │ └── out.log
│ │ ├── solver.prototxt
│ │ ├── trainedmodel
│ │ │ ├── 5fm_classifer_iter_30000.caffemodel
│ │ │ └── 5fm_classifer_iter_30000.solverstate
│ │ ├── train_file.txt
│ │ ├── train_val.prototxt
│ │ └── valid_file.txt
│ ├── caffe_train.sh
│ ├── readme.txt
│ ├── run_all_train.sh
│ └── train_file.txt
├── images
│ ├── images.000.png
│ ├── images.001.png
│ ├── images.002.png
│ ├── images.003.png
│ ├── images.004.png
│ ├── images.005.png
│ ├── images.006.png
│ ├── images.007.png
│ ├── images.008.png
│ ├── images.009.png
│ ├── images.010.png
│ ├── images.011.png
│ ├── images.012.png
│ ├── images.013.png
│ ├── images.014.png
│ ├── images.015.png
│ ├── images.016.png
│ ├── images.017.png
│ ├── images.018.png
│ ├── images.019.png
│ ├── images.020.png
│ ├── images.021.png
│ ├── images.022.png
│ ├── images.023.png
│ ├── images.024.png
│ ├── images.025.png
│ ├── images.026.png
│ ├── images.027.png
│ ├── images.028.png
│ ├── images.029.png
│ ├── images.030.png
│ ├── images.031.png
│ ├── images.032.png
│ ├── images.033.png
│ ├── images.034.png
│ ├── images.035.png
│ ├── images.036.png
│ ├── images.037.png
│ ├── images.038.png
│ ├── images.039.png
│ ├── images.040.png
│ ├── images.041.png
│ ├── images.042.png
│ ├── images.043.png
│ ├── images.044.png
│ ├── images.045.png
│ ├── images.046.png
│ ├── images.047.png
│ ├── images.048.png
│ ├── images.049.png
│ ├── images.050.png
│ ├── images.051.png
│ ├── images.052.png
│ ├── images.053.png
│ ├── images.054.png
│ ├── images.055.png
│ ├── images.056.png
│ ├── images.057.png
│ ├── images.058.png
│ ├── images.059.png
│ ├── images.060.png
│ ├── images.061.png
│ ├── images.062.png
│ ├── images.063.png
│ ├── images.064.png
│ ├── images.065.png
│ ├── images.066.png
│ ├── images.067.png
│ ├── images.068.png
│ ├── images.069.png
│ ├── images.070.png
│ ├── images.071.png
│ ├── images.072.png
│ ├── images.073.png
│ ├── images.074.png
│ ├── images.075.png
│ ├── images.076.png
│ ├── images.077.png
│ ├── images.078.png
│ └── images.079.png
└── labels
├── mitos_3D.000.png
├── mitos_3D.001.png
├── mitos_3D.002.png
├── mitos_3D.003.png
├── mitos_3D.004.png
├── mitos_3D.005.png
├── mitos_3D.006.png
├── mitos_3D.007.png
├── mitos_3D.008.png
├── mitos_3D.009.png
├── mitos_3D.010.png
├── mitos_3D.011.png
├── mitos_3D.012.png
├── mitos_3D.013.png
├── mitos_3D.014.png
├── mitos_3D.015.png
├── mitos_3D.016.png
├── mitos_3D.017.png
├── mitos_3D.018.png
├── mitos_3D.019.png
├── mitos_3D.020.png
├── mitos_3D.021.png
├── mitos_3D.022.png
├── mitos_3D.023.png
├── mitos_3D.024.png
├── mitos_3D.025.png
├── mitos_3D.026.png
├── mitos_3D.027.png
├── mitos_3D.028.png
├── mitos_3D.029.png
├── mitos_3D.030.png
├── mitos_3D.031.png
├── mitos_3D.032.png
├── mitos_3D.033.png
├── mitos_3D.034.png
├── mitos_3D.035.png
├── mitos_3D.036.png
├── mitos_3D.037.png
├── mitos_3D.038.png
├── mitos_3D.039.png
├── mitos_3D.040.png
├── mitos_3D.041.png
├── mitos_3D.042.png
├── mitos_3D.043.png
├── mitos_3D.044.png
├── mitos_3D.045.png
├── mitos_3D.046.png
├── mitos_3D.047.png
├── mitos_3D.048.png
├── mitos_3D.049.png
├── mitos_3D.050.png
├── mitos_3D.051.png
├── mitos_3D.052.png
├── mitos_3D.053.png
├── mitos_3D.054.png
├── mitos_3D.055.png
├── mitos_3D.056.png
├── mitos_3D.057.png
├── mitos_3D.058.png
├── mitos_3D.059.png
├── mitos_3D.060.png
├── mitos_3D.061.png
├── mitos_3D.062.png
├── mitos_3D.063.png
├── mitos_3D.064.png
├── mitos_3D.065.png
├── mitos_3D.066.png
├── mitos_3D.067.png
├── mitos_3D.068.png
├── mitos_3D.069.png
├── mitos_3D.070.png
├── mitos_3D.071.png
├── mitos_3D.072.png
├── mitos_3D.073.png
├── mitos_3D.074.png
├── mitos_3D.075.png
├── mitos_3D.076.png
├── mitos_3D.077.png
├── mitos_3D.078.png
└── mitos_3D.079.png
14 directories, 197 files