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20180418
Manabu ISHII edited this page Apr 18, 2018
·
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趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です
日程：2018年4月18日
時間：10時から19時
場所：理化学研究所、東京連絡事務所（１５階） 第４会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupって書いてある看板があると思います。
アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所
- 地下鉄できたときは、１階まで行く
- １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
- 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）
東京連絡事務所に入った後、第4会議室への行き方
- 入って、左手に進む。
- 広いスペースにはいり、右に曲がる。
| 時間 | 内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 10:00-11:30 | 作業 | |
| 11:30-12:30 | 昼食 | まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました |
| 12:30-13:30 | 作業 | |
| 14:00-15:00 | 作業 | |
| 15:00-15:30 | 中間報告、問題点共有 | |
| 15:30-18:00 | 作業 | |
| 18:00-19:00 | まとめ |
- ACE EditorでのCWLのシンタックスハイライトの作成
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- 少なくとも１つは、conformance_test を読む。
- ワークフローシステム(CWLとかNextflowなど)の紹介スライドの作成
- できたら
- 一手詰めワークフローをなにかのシステムで実装
- Galaxyでの、CWLサポートについて可能であればサポートを広げる
- Galaxy多言語対応
- ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
- Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
- uDockerの中身、具体的な挙動
- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト
- 当日やることを書く、複数あれば複数書く
- こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く
- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など
#WorkflowDevMeetup