20180926

第8回研究会開催案内

今回は、完全オンラインミートアップです。

実験的なこころみです。 Slack にご参加ください。

開催後、まとめ

まとめ

以下案内

趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

日程：2018年9月26日水曜日

時間：10時から19時

インターネット環境：各自つながるところでおねがいいたします。

プログラム

時間	内容	備考
10:00-11:30	作業
11:30-12:30	昼食
12:30-18:00	作業
18:00-19:00	まとめ

予定

いろいろなシステムでテレカンファレンス予定。

また、VS Code などの、エディタや統合開発環境(IDE)の、オンライン接続機能などがためせれば。

トーク

事前計画

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

具体的な開発予定

• Yacleの実装(CWLのGolang実装)
  • 少なくとも１つは、conformance_test を読む。
• Galaxy から、前回作ったCWLを呼び出せることを確認する
• ワークフローシステム(CWLとかNextflowなど)の紹介スライドの作成
• 一手詰めワークフローをなにかのシステムで実装
  • Galaxyでの、CWLサポートについて可能であればサポートを広げる
    • 参考common-workflow-language/galaxy: Fork of Galaxy (http://galaxyproject.org/) attempting to implement the CWL spec.
  • Galaxy多言語対応
• Nextflow と kubernetes、参考
• ACE EditorでのCWLのシンタックスハイライトの作成
  • これはpull requestがきた。

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
3. uDockerの中身、具体的な挙動

その他

• Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
• セキュリティ関連
• 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
  • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
  • Java, Python
  • Galaxy, CWL
  • 各種エディタでの、言語ハイライト

西田孝三 (理化学研究所 バイオコンピューティング研究チーム)

具体的な開発予定

• E-Cell4のJupyter Notebookを Azure Pipelines with unlimited CI/CD minutes for open source を使ってCIしてみる
• https://hackmd.io/G6gtfFocSA-SL_QBQwVTrQ?both の Pythonをすべて確認
• DRMAA 動作確認用の Docker imageの作成
• https://github.com/ncbi/pgap のワークフローのネットワーク可視化

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

• RDMA を使用した CPU に負荷をかけないデータ転送

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雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

• 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

• なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

• Slack
• 招待コードの発行はこちらからできます。

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

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メール

西田(大阪)： kozo.nishida@gmail.com

石井(東京)： manabu.ishii.rb@gmail.com