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20180713
今回は、大阪、東京、同時開催です。
また、開催時間は未定ですが、CWLのコア開発者たちとの、テレカンファレンスも予定(17時からを予定)しています。
https://hackmd.io/6aQ-K0S0R0KcVyidUFZPSw
趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です
日程：2018年7月13日金曜日
時間：10時から19時
インターネット環境：理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です
大阪会場：理化学研究所、生命システム研究棟 (3階) 大会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある貼り紙があります。
アクセス：生命機能科学研究センター・大阪・生命システム研究棟
注意 「大阪大学 生命システム棟」に間違えて行かれる方がいらっしゃいます。 「生命システム研究棟」は最寄り駅 山田駅の大阪大学外の独立した理化学研究所の建物になります。
東京会場：理化学研究所、東京連絡事務所（15階） 第４会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。 １４時より、第３会議室になります。(7月13日12時半更新)
アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所
- 地下鉄できたときは、１階まで行く
- １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
- 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）
東京連絡事務所に入った後、第4会議室への行き方
| 時間 | 内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 10:00-11:30 | 作業 | |
| 11:30-12:30 | 昼食 | まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました |
| 12:30-13:30 | 作業 | |
| 14:00-14:20 | BioRubyの紹介 | トーク |
| 14:20-14:40 | 2018 SysMod meeting @ ISMB 報告 | トーク |
| 14:40-15:00 | GCCBOSC2018報告 | トーク |
| 14:00-15:00 | 作業 | |
| 15:00-15:30 | 中間報告、問題点共有 | |
| 15:30-17:00 | 作業 | |
| 17:00-18:00 | CWLテレカン | |
| 18:00-19:00 | まとめ |
CWLのコア開発者と、テレカンファレンス予定。
- call at: https://meet.jit.si/cwl
- meeting notes: https://oasis.sandstorm.io/shared/ezCHHNC1Kjl8uyfL2aNQ8ci7i-thzCwijEGHNEc8Krl
ISMB2018のSYSMODというCOSIのレポートなどを話します https://docs.google.com/presentation/d/1-Gtn_j6-M_aHIrnaYAQJXiTEUVmRbqe-e1KizWzAebU/edit?usp=sharing
GCCBOSC 2018 のレポートを話します https://docs.google.com/presentation/d/1lNN8PhvHrL0ZALzdLMH2DAcFL9_EPbvC-Bb6XIgC7h8/edit?usp=sharing
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- 少なくとも１つは、conformance_test を読む。
- Galaxy から、前回作ったCWLを呼び出せることを確認する
- ワークフローシステム(CWLとかNextflowなど)の紹介スライドの作成
-
一手詰めワークフローをなにかのシステムで実装
- Galaxyでの、CWLサポートについて可能であればサポートを広げる
- Galaxy多言語対応
- Nextflow と kubernetes、参考
- ACE EditorでのCWLのシンタックスハイライトの作成
- これはpull requestがきた。
- ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
- Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
- uDockerの中身、具体的な挙動
- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト
- awsubプロジェクトの名称変更
- awsubのCWL対応
- （awsubのHIPAA対応）
- CWL〜 😄
- 今週土曜日、鶴見でDJするんで神奈川にお住まいの方はぜひ〜
-
CWL-metrics 改良
- runtime metrics data の収集と Jupyter notebook での可視化
- workflow meetup の GitHub pages つくりませんか
- CWLprov
- どなたか一緒に "Rabbit Composer で CWL を書いてみる" 的なドキュメント整備しませんか
- 論文はよ書かないかん
- cwl-inspector の総書き換え
- CWL!
- 早くエンジンを公開したい
- 当日やることを書く、複数あれば複数書く
- こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く
- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など
#WorkflowDevMeetup
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西田(大阪)： kozo.nishida@gmail.com
石井(東京)： manabu.ishii.rb@gmail.com