20200212

25th Workflow Meetup

今回は、大阪、東京、同時開催です。

Workflow Meeup概要

まとめ

まとめ

案内

趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、アノテーション、自然言語処理、画像処理、AIの利用など、関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

Date: 2020-02-12(Wed) 日程：2020年2月12日水曜日

Time: 10:00-19:00(JST) 時間：10時から19時

インターネット環境：理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です

大阪会場

大阪会場：理化学研究所、A棟 3階 303会議室

アクセス：生命機能科学研究センター・大阪・生命システム研究棟

注意 「大阪大学　生命システム棟」に間違えて行かれる方がいらっしゃいます。 「生命システム研究棟」は最寄り駅 山田駅の大阪大学外の独立した理化学研究所の建物になります。

東京会場

東京会場：理化学研究所、東京連絡事務所（15階）

10:00 - 19:00 第１会議室

第1会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。

アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所

1. 地下鉄できたときは、１階まで行く
2. １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
3. 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）

プログラム

時間	内容	備考
10:00-11:30	作業
11:30-12:30	昼食	東京は、まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました
12:30-14:00	作業
14:00-15:00	ワークフローライブコーディングデバッギング	未定
15:00-15:30	中間報告、問題点共有
15:30-18:00	作業
18:00-19:00	まとめ

予定

事前計画

西田孝三 (理研BDR)

• dash-bioへのKEGG componentの追加

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

• CWLを、Docker, Singularity で、動かす
• vmware/tern: Open Source compliance for containers が、quay.io にある、biocontainersのイメージをうまく処理できない原因の調査

具体的な開発予定

• CWLのLanguage Server Protocol の実装
• Yacleの実装(CWLのGolang実装)
• Nextflow

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど

その他

• Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
• セキュリティ関連
• 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
  • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
  • Java, Python
  • Galaxy, CWL
  • 各種エディタでの、言語ハイライト

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雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

• 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

• なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

• Slack
• 招待コードの発行はこちらからできます。

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

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メール

西田(大阪)： kozo.nishida@gmail.com

石井(東京)： manabu.ishii.rb@gmail.com