Knime_2020_A

KNIME - praca samodzielna | grupa 2020-B

1. skonstruować schemat wg poleceń:

• przeczytać dane aktywności związków na kinazę JAK1 z pliku dostępnego tutaj.
• usunąć kolumnę ACTIVITY_ID
• zmienić nazwy kolumn (:bulb: tip: column rename)
  • CMPD_CHEMBLID -> ID
  • CANONICAL_SMILES -> smiles
• przekształcić kolumnę smiles na widoczne struktury (:bulb: tip: molecule type cast)
• znormalizować struktury chemiczne (:bulb: tip: RDKit normalizer)
• policzyć parametry: Molecular weight, TPSA, logP

2. Dla tych danych:

• przygotować wykres punktowy 3D (3D scatter plot):
  • na osiach TPSA / logP / Masa molowa
  • punkty pokolorowane wg inhibicji JAK1
  • wykres zapisać jako png
• wybrać 15 reprezentatywnych związków (Diversity picker) i tabelę zapisać jako PDF.
• sprawdzić korelację liniową między wartościami Molecular weight, TPSA, logP (:bulb: tip: linear correlation) i zapisać macierz jako png (:bulb: tip: view: correlation matrix)

3. Workflow

1. Podpisać trzy pierwsze węzły (F2...)
2. Dodać adnotację do schematu (new workflow annotation) ze swoim imieniem i nazwiskiem
3. zapisać obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)

Zaliczenie

Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi cztery pliki, z imieniem i nazwiskiem jako nazwą pliku:

1. wykres 3D w pliku png
2. Plik PDF z tabelą z 10 reprezentatywnymi związkami
3. Plik png z macierzą korelacji
4. obrazek workflow'u jako plik svg

⚠️ UWAGA! Po wysłaniu plików mailem proszę skasować tymczasowe pliki z komputera (png, pdf, svg).