marvin2021_C
- Pobieramy dokument - template do odpowiedzi
- Sprawdzamy w arkuszu google (zakładka SMILES), jaka struktura została nam przydzielona (w formacie SMILES)
- Wypełniamy tabelę w nagłówku dokumentu odpowiedzi
- Odpowiadamy na pytania.
- Odpowiedzi wysyłamy na adres:
.
⚠️ typowe wartości pH w różnych obszarach przewodu pokarmowego pokazane są na rysunku na dole tej strony; proszę przyjąć dolne wartości zakresów.⚠️ po wysłaniu arkusza odpowiedzi (i upewnieniu się, że mail wyszedł z załącznikiem) należy skasowac wszystkie pliki związane z kolokwium z komputera (tj pulpitu, pobranych itp)- 💡 Wykonanie zrzutu ekranu: Ctrl+PrtScr
Życzę powodzenia! 👍
Dla cząsteczki, której SMILES są podane na liście obecności, proszę policzyć:
- pKa wszystkich grup których to może dotyczyć (załączyć rysunek); dołączyć odpowiedni wykres udziału poszczególnych form w zależności od pH
- Czy związek ma szansę wchłaniać się w jamie ustnej, żołądku, jelitach? Odpowiedź krótko uzasadnić (1-2 zdania).
- Policzyć wartość PSA (TPSA) oraz HLB Number
- Nałożyć zadaną cząsteczkę na cząsteczkę aniliny (3D alignment), załączyć zrzut ekranu z wyników
- Policzyć ładunki cząstkowe na poszczególnych atomach - załączyć wizualizację (wartości oraz mapowanie ładunków na powierzchnię cząsteczki)
- Proszę zoptymalizować trójwymiarową geometrię cząsteczki i zapisać w formacie mrv.
- Wyznaczyć kilka niskoenergetycznych konformacji cząsteczki ("conformers"), zapisać je w pliku SDF (w jednym pliku)
(otrzymane w tym zadaniu pliki załączyć do maila, nie wklejać do dokumentu tekstowego)
(Za: Review of in vitro digestion models for rapid screening of emulsion-based systems, David Julian McClements and Yan Lia, Food Funct., 2010,1, 32-59)
- Proszę zoptymalizować trójwymiarową geometrię cząsteczki i zapisać w formacie mrv.
- Wyznaczyć kilka niskoenergetycznych konformacji cząsteczki ("conformers"), zapisać je w pliku SDF (w jednym pliku)