projekt2_KNIME_2021B
Celem projektu jest analiza danych dotyczących aktywności małocząsteczkowych inhibitorów białek. Dla wskazanego na liście celu molekularnego należy pobrać dane z bazy danych ChemBlDb (najlepiej IC50) i za pomocą platformy KNIME dokonać odpowiednich analiz. Analizy te mają pomóc odpowiedzieć na postawione niżej pytania:
- Jaka jest statystyka aktywności (IC50 lub alternatywna miara, np Kd, Ki itp) dla tych związków? Jaka jest wartość średnia, minimalna, maksymalna? (:bulb: proszę wkleić screen odpowiedniej tabeli)
- Czy aktywność tych związków jest skorelowana z innymi deskryptorami (proszę policzyć wszystkie dostępne -
descriptor calculation)? (:bulb: wykres 3D? inny wykres? inny rysunek? - proszę wkleić i opisać obserwację jednym krótkim zdaniem) - Ile cząsteczek zawiera fragment tiofenu? (:bulb: proszę wkleić screen początku tabeli wynikowej)
- Jaka jest struktura 10 najaktywniejszych związków? (:bulb: tabela - screenshot)
💡 UWAGI:
- odpowiedzi proszę umieścić w pobranym dokumencie
- proszę pamiętać o normalizacji struktur chemicznych
- do przygotowanego workflow proszę dodać adnotację (
new workflow annotation) ze swoim imieniem, nazwiskiem, nr indeksu. - W tabeli pobranej z bazy ChemblDb aktywność związku (czyli najczęściej IC50) znajduje się w kolumnie STANDARD_VALUE
- Dla wartości IC50 - im niższa wartość, tym związek jest bardziej aktywny. Proszę pamiętać przy sortowaniu wyników, wyłanianiu związków najbardziej aktywnych itp. Patrz wpis na wiki.
Odpowiedzi należy przysłać na adres:
Należy załączyć:
- dokument z odpowiedziami w formie dokumentu LibreOffice (lub PDF)
- wyeksportowany obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)