pymol zaliczenie 2018A
Proszę wyszukać w bazie PDB wskazaną strukturę i znaleźć jej tytuł, metodę doświadczalną, którą została rozwiązana (Method) oraz jej rozdzielczość (Resolution).
Następnie w programie pymol proszę:
- pobrać strukturę do pymola
- zostawić tylko jeden łańcuch (jeśli jest kilka)
- ustawić tło koloru białego (white)
- usunąć wodę ze struktury
- wyekstrahować ligand (jeśli mamy więcej niż jeden ligand to wybrać ten największy)
- ustawić reprezentację ligandu: sticks
- reprezentacja białka: cartoon (kolor: rainbow)
- znaleźć wiązania wodorowe między ligandem a białkiem; zmienić ich kolor na widoczny (np niebieski)
- podpisać aminokwasy w białku, które tworzą wiązania wodorowe (labels)
- zmierzyć długość ligandu (wybrać arbitralnie najbardziej oddalone od siebie atomy w ligandzie)
- ustalić 3 "ładne" pozy (takie, w których dobrze widać kieszeń wiązania oraz ligand), dla nich zrobić raytracing a rysunki zapisać jako
png.
Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi:
- trzy wygenerowane obrazki, z imieniem, nazwiskiem oraz kodem białka w nazwie pliku
- treść maila powinna zawierać następujące informacje:
Imię, nazwisko:
Nr indeksu:
Identyfikator:
Kod białka:
Grupa sprawdzianu: 2018A/B/C
Tytuł wpisu w bazie PDB:
Metoda doświadczalna:
Rozdzielczość:
Mój adres: 