pymol zaliczenie 2022D
Dla wskazanej na liście struktury proszę:
- odnaleźć jej stronę w bazie PDB, zrobić screenshot
W programie pymol wczytać strukturę a następnie:
- ustawić tło koloru białego
- usunąć wodę ze struktury
- wyekstrahować ligand (jeśli mamy więcej niż jeden ligand to wybrać największy organiczny)
- ustawić reprezentację liganda: sticks
- reprezentacja białka: cartoon (kolor: jasnozielony)
- znaleźć wiązania wodorowe między ligandem a białkiem; zmienić ich kolor na widoczny (np niebieski)
- w białku pokazać (show lines) i podpisać (labels) aminokwasy, które tworzą wiązania wodorowe
- zmierzyć długość liganda (wybrać arbitralnie najbardziej oddalone od siebie atomy w ligandzie)
- ustalić dwie "ładne" pozy (takie, w których dobrze widać kieszeń wiązania oraz ligand), dla nich zrobić raytracing (
ray) a rysunki zapisać jakopng - zmienić reprezentację białka na powierzchniową (surface) i wygenerować rysunek pokazujący całe białko w tej reprezentacji (również z raytracingiem).
- screenshot z bazy pdb
- trzy wygenerowane obrazki, z numerem indeksu oraz kodem białka w nazwie pliku (np
2030666_3XP2_1.png)
Treść maila powinna zawierać następujące informacje:
Imię, nazwisko:
Nr indeksu:
Kod białka:
Grupa sprawdzianu: 2022A/B/C/D/E/...
Mój adres: 
Zrzuty ekranu, okna lub obszaru:
- Print Screen wykonuje zrzut ekranu.
- Alt+Print Screen wykonuje zrzut okna.
- Shift+Print Screen wykonuje zrzut zaznaczonego obszaru.