DWMRI: Preprocesamiento de datos

Antes de empezar, algunos detalles:

• Para un ejercicio más extenso, usando datos de roedor, visita esta entrada.
• Visita Andy's brain book para más información (y más actualizada).
• Lista de herramientas para preprocesamiento compilada por Ricardo Ríos.

Conversion de datos

• Convertir de DICOM a NIFTI
• Convertir de PARREC a NIFTI

Corrección de inhomogeneidades del campo magnético

Lo que conviene ahora es corregir los errores de movimiento y los artefactos inducidos por corrientes eddy. Existen dos versiones, la clásica es con: eddy_correct_rotbvecs.sh

Este método es anticuado y sub-óptimo, pero lo único que se puede hacer en caso de no contar con imágenes con adquisición reversa de fase. En caso de contar con ellas, entonces utilizar la opción Eddy correct revpe. Por el momento no se ha utilizado completamente esta herramienta, pero en esta página se encuentra toda la información necesaria.

Reacomodo de la tabla de gradientes para la compatibilidad de mrtrix

Si queremos usar mrtrix debemos cambiar el formato de la tabla de gradientes a como le gusta a mrtrix. Para ello usamos:

inb_mrtrix_nii2mif.sh

El formato preferido de mrtrix es .mif, pero es perfectamente feliz leyendo .nii y .nii.gz , así que por comodidad utilizamos estos últimos. Esto quiere decir que no vamos a generar ningún archivo .mif, pero sí nuestra tabla de gradientes. Entonces vamos a engañar un poco al script para que no genere el archivo . mif, utilizando la opción -onlyGrads. Por ejemplo:

inb_mrtrix_nii2mif.sh dwi_ec.nii.gz dwi_ec.mif dwi.bvec dwi.bval -flip_y -flip_z -onlyGrads

Esto generará el archivo dwi_ec_encoding.b en el cual el sentido de los componentes y y z de los gradientes están invertidos. Esto se requiere por el cambio de formato, y es dependiente de cada protocolo de imagen. Para saber qué componentes hay que invertir se hace por ensayo y error.