MRtrix: preproc

Pre-procesamiento

Para garantizar que la amplitud de las FOD no esté modulada por inhomogeneidades de B1, y para estandarizar las unidades con la que se miden (en lugar de arbitrarias, que sean un porcentaje de las imágenes b=0), tenemos el script inb_mrtrix3_preproc.sh . A manera de ejemplo:

1. Obtener una máscara. Primero debemos extraer el primer volumen y luego correr bet.

fslroi dti_ec.nii.gz b0 0 1

bet b0.nii.gz b0 -m -n -f 0.25

2. Ahora sí corremos el script de preprocesamiento de mrtrix3

⚠️ Este script ya está viejo (2014). Se recomienda usarlo como guía, pero no usarlo directamente (lconcha, 2021)

inb_mrtrix3_preproc.sh dti_ec.nii.gz dti_ec_encoding.b 1000 b0_mask.nii.gz proc

Este paso es tardado, suficiente para un café. Una vez concluido, generará los siguientes resultados:

• proc_mask.nii.gz Una máscara del cerebro que trata de minimizar la periferia ruidosa del cerebro. No es perfecta, pero es mejor que la previa.
• proc_dwi_biasCorr_ratios.nii.gz Uno de los dos resultados principales. Son las imágenes DWI pero (a) corregidas por inhomogeneidades de B1 y con unidades [0 1].
• proc_avDWI_ratios.nii.gz El promedio temporal del archivo proc_dwi_biasCorr_ratios.nii.gz . Util para usar como fondo anatómico en mrview.
• proc_dwi_bias_field.nii.gz El factor de compensación B1 aplicado a las imágenes DWI originales.
• proc_response.txt El otro resultado importante. Es la response_function a utilizar para realizar CSD. Usando cat proc_response.txt podemos ver el contenido. En este ejemplo es 1.759339452 -0.5281734467 0.1055925936 -0.01716192625 0.0004632802156. El script usará lmax tan alto como los datos lo soporten, por lo que el número de coeficientes puede variar, pero los rangos de los valores deben ser similares a éstos.