Procesamiento Imagen: De PARREC a NIFTI

De PARREC a NIFTI

Usar en la terminal el siguiente comando: PARconv_v1.12.sh

Debe escribirse en el siguiente orden:

• Comando
• Espacio
• Archivo a convertir (debe escribirse toda la ruta, o bien puede arrastrarse el archivo)
• Espacio
• Nombre final del archivo y agregar: .nii.gz

Ejemplo:

PARconv_v1.12.sh 'miarchivoT1' nombrefinaldelarchivo.nii.gz

Este comando NO permite reorientar la imagen de manera directa, por lo que es necesario usar en la terminal otro comando el cual es: fslreorient2std

Debe escribirse en el siguiente orden:

• Comando
• Espacio
• Archivo a reorientar (debe escribirse toda la ruta, o bien puede arrastrarse el archivo)
• Espacio
• Nombre final del archivo

Ejemplo:

fslreorient2std 'archivoareorientar.nii.gz' nombrefinaldelarchivo.nii.gz

En caso de las imágenes pseudoflair hay que utilizar el siguiente comando en lugar de PARconv_v1.12.sh. sin la extensión .PAR o .REC, solo el nombre: ej. ID_pseudoFLAIR.PAR

 dcm2nii -o . -v N ID_pseuFLAIR