FSL: Melodic
Para llevar a cabo un análisis de componentes independientes en Melodic es necesario contar con los archivos del "resting state" en formato NIfTI y las imágenes estructurales deben ser sometidas a la extracción de cerebro utilizando la herramienta brain extraction tool.
Es altamente recomendado que se utilcen las funciones por defecto con las que se ejecuta Melodic a menos de estar seguro que se deben alterar los parámetros.
En la pestaña misc podemos seleccionar si deseamos ocultar la burbuja de ayuda, así como el reporte de progreso que se ejecuta en el explorador de internet.
En la pestaña de Data se introduce el número de "entradas" y los archivos 4D del resting state. Seleccionamos también la carpeta destino para los resultados de análisis (output directory). Se debe seleccionar el TR utilizado para la adiquisción de las imágenes. Y tambien se puede seleccionar el valor para el corte del filtro paso banda para establecer el período temporal más largo que se va a permitir.
Pestaña Pres-stats
Podemos desactivar la corrección de movimiento que se lleva a cabo con MCFLIRT por defecto. Así mismo especificar el tipo de adquisición de rebandas (slice timing correction). Debido a que las imágenes estructurales utilizadas fueron sometidas a un BET esta opción debe estar activada. La normaliazción de la intensidad permite elegir la misma media de intensidad para todos los volúmenes.
Pestaña Registration
Para el registro de las imágenes usualmente se selecciona "main structural image" dónde se introducen las imágenes estructurales en el mismo orden que los archvios 4D de la pestaña Data. Se pueden cambiar los grados de libertad utilzados en el registro lineal. El espacio estándar corresponde al atlas utilizado en los registros.
Pestaña stats. Es importante seleccionar aquí el tipo de ICA que queremos realizar, éste depende del número de sujetos a analizar y las secuencias utilizadas en la adquisición de datos.
Pestaña post-stats. En esta ultima sección es posible indtroducir en las secciones "time series model" y "times contrasts model" los archivos .mat y .con respectivamente, los cuales fueron creados con la herramienta GUI en la elaboración del diseño experimental.
