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ppmi_bids

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Laboratorio C13 edited this page Apr 28, 2021 · 8 revisions

PPMI, BIDS

Para bajar datos de PPMI y convertirlos a BIDS.

ℹ️ Requiere docker y python 3.x, así como una cuenta en PPMI.

⭐ Basado en PyPMI.

Bajar datos

1.Ir a PPMI. 2. Ir a Advanced Search y buscar lo que queremos usando los criterios de inclusión/exclusión. Una vez encontrados, seleccionar los que queremos (o todos) y dar clic en add to collection. Generar una nueva colección, o usar una previa. 3. Ir a la pestaña Data Collections, buscar nuestra colección, y seleccionar los que queremos bajar ( o todos ). Usar Advanced Download para facilitar el que bajen todos en un único zip. 4. Bajar el archivo .zip. Copiarlo a una carpeta, y descomprimirlo (podemos usar unzip en la terminal) 5. El zip explotará en una carpeta llamda PPMI, que tiene una organización NO-BIDS (ver aquí)

   └── PPMI/
        ├── SUB-1/
        |   ├── SCAN-TYPE-1/                      (e.g., MPRAGE_GRAPPA)
        |   |   ├── SCAN-DATETIME-1/
        |   |   |   └── SCAN-SERIES-1/
        |   |   |       └── *dcm
        |   |   └── SCAN-DATETIME-2/
        |   ├── SCAN-TYPE-2/                      (e.g., AX_FLAIR)
        |   |   ├── SCAN-DATETIME-1/
        |   |   |   └── SCAN-SERIES-2/
        |   |   |       └── *dcm
        |   |   └── SCAN-DATETIME-2/
        |   ├── .../
        |   └── SCAN-TYPE-N/
        ├── SUB-2/
        ├── .../
        └── SUB-N/

Queremos convertir esta jerarquía en BIDS. Usaremos las herramientas de pypmi.

Convertir a BIDS

Para fines de este documento, la carpeta PPMI quedó en /mnt/newssd/rene/PPMI, y la carpeta BIDS quedará en /mnt/newssd/rene/bids

  1. Asegurarnos que tenemos python. Yo estoy probando con Anaconda con python versión 3.8.3.
  2. Instalamos las dependencias
pip install pypmi pydicom nibabel docker
  1. Abrimos ipython para trabajar.
ipython
  1. Dentro de ipython:
from pypmi import bids
bids.convert_ppmi('/mnt/newssd/rene/PPMI','/mnt/newssd/rene/bids')

La primera vez que lo corremos se tarda un poco, pues tiene que bajar un docker container de heudiconv, y no hay mucha información en la terminal (me dí cuenta porque ví que estaba bajando muchos MB/s). Al terminar, tendremos nuestra carpeta bids

(base) lconcha@syphon:/mnt/newssd/rene$ tree bids/
bids/
├── CHANGES
├── dataset_description.json
├── participants.tsv
├── README
├── sub-3108
│   ├── ses-1
│   │   ├── anat
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-01_T1w.json
│   │   │   └── sub-3108_ses-1_run-01_T1w.nii.gz
│   │   ├── dwi
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-01_dwi.bval
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-01_dwi.bvec
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-01_dwi.json
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-01_dwi.nii.gz
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-02_dwi.bval
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-02_dwi.bvec
│   │   │   ├── sub-3108_ses-1_run-02_dwi.json
│   │   │   └── sub-3108_ses-1_run-02_dwi.nii.gz
│   │   └── sub-3108_ses-1_scans.tsv
│   └── ses-2
│       ├── anat
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-01_T1w.json
│       │   └── sub-3108_ses-2_run-01_T1w.nii.gz
│       ├── dwi
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-01_dwi.bval
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-01_dwi.bvec
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-01_dwi.json
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-01_dwi.nii.gz
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-02_dwi.bval
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-02_dwi.bvec
│       │   ├── sub-3108_ses-2_run-02_dwi.json
│       │   └── sub-3108_ses-2_run-02_dwi.nii.gz
│       └── sub-3108_ses-2_scans.tsv
├── sub-3352
│   └── ses-1
│       ├── anat
│       │   ├── sub-3352_ses-1_run-01_T1w.json
│       │   └── sub-3352_ses-1_run-01_T1w.nii.gz
│       └── sub-3352_ses-1_scans.tsv

Tabla de contenidos

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