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Bienvenidos a la MRI-lab Wiki!

Repositorio para wiki y herramientas de los usuarios del MRI-lab

Contenido en esta página

1. MRILab Wiki
2. Advertencias
3. Kit de supervivencia
4. Tutoriales Avanzados

MRILab Wiki

Cualquier persona puede consultar la wiki desde una computadora con acceso a internet. Sin embargo para editarla es necesario tener una cuenta de github y ser collaborador de este repositorio-wiki. Si quieres participar ponte en contacto con el administrador de la wiki y del cluster.
La wiki esta en lenguaje Markdown el cual es muy sencillo de aprender. Para aprender más sobre como dominar Markdown revisa aquí.

Una aportación muy util en este momento sería agregar una barra lateral multinivel para organizar nuestra wiki como esta github-wiki-sidebar

Advertencias

⚠️ Recuerda que el clúster es un sistema que depende de que los equipos que lo forman estén activos y en condiciones adecuadas.

⚠️ Este wiki intenta facilitar el uso del clúster y las maquinas que lo forman.

⚠️ Sin embargo si se presenta algún problema que no esté contemplado en este wiki por favor repórtalo al administrador del sistema.

⚠️Evita reiniciar, apagar o desmontar los equipos que se encuentre en el clúster.

⚠️De igual forma, siempre es buena práctica hacer Cerrar Sesión al terminar el día.

⚠️ A veces no funciona bien el cambio de usuario y podrías perder datos! Acostúmbrate a grabar tu progreso con alta frecuencia para evitar tristes pérdidas.

⚠️ Borra continuamente la papelera de reciclaje

Kit de supervivencia

1. Aprende a buscar información
2. cluster
3. login
4. /misc
5. /home
6. bash
7. x2go
8. Tutoriales básicos de manipulación y procesamiento de imágenes

Tutoriales Avanzados

1. Grosor Cortical, por rcruces.
2. Procesamiento DWI, por rcruces.

Enlaces externos

Enlaces Interesantes con diversas herramientas.

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/home ¿Qué es y cómo se usa?

Si bien /home guarda las configuraciones individuales de cada usuario el respaldo de los datos, como las imágenes debe realizarse en un directorio diferente, con el fin de mejorar el uso del cluster. Información aquí.

¿Cómo empiezo? ¿Quién es Bash?

Bienvenido al Laboratorio de Imágenes de Resonancia Magnética. En esta sección se describe lo que es home. Además hay que conocer a Bash, que es un programa informático cuya función es interpretar ordenes; Basicos se encuentra la sintaxis más frecuente que él utiliza. Información para el grupo BIOINFO.

Información Básica sobre el Pre-procesamiento de Imágenes

En esta sección se encuentran descritos los pasos para manipular los archivos de imagen (dicoms o niifti u otros). Aquí se describe como registrar, normalizar, transformar, reorientar, extraer, sumar, acoplar imágenes y más. Además de algunos enlaces a páginas interesantes.

Cluster

Aquí se explica cómo está organizado el cluster, como se utiliza y los errores más frecuentes que se presentan durante su uso.

Acceso por X2Go

Uso del programa X2Go para el acceso remoto al cluster. Tanto dentro como fuera de la red del INB.

fMRI

Aprende a hacer análisis de resonancia funcional y algunas herramientas de fsl.

Imágenes Pesadas a Difusión

Asuntos relacionados a imágenes pesadas adifusión, su procesamiento y tractografía.

Grosor Cortical

Información acerca del procesamiento de imágenes para la obtención del grosor cortical y otras bondades de //FreeSurfer//

FAQ, Trucos y Alertas

Preguntas frecuentes Apuntes sobre algunas tareas que a los usuarios les han costado trabajo y no quiere que se les olviden, y para que potencialmente les sean útiles a otros usuarios.

Histología

Links externos con diversas herramientas.