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Bienvenidos a la MRI-lab Wiki!

Bienvenido a la wiki del Laboratorio de Imágenes de Resonancia Magnética. Esta página contiene el repositorio para la wiki y herramientas de los usuarios del MRI-lab.

Contenido en esta página

1. MRILab Wiki
2. Advertencias
3. Kit de supervivencia
4. Tutoriales Avanzados

MRILab Wiki

Este wiki intenta facilitar el uso del clúster y las maquinas que lo forman. Cualquier persona puede consultar la wiki desde una computadora con acceso a internet.

Te invitamos a apoyar el desarrollo de esta wiki con:

1. Si deseas complementar o corregir alguna entrada que ya está en la wiki.
2. Si aprendes algo nuevo y lo quieres incluir en esta wiki para que los demás podamos aprenderlo también.

Si deseas colaborar en esta wiki es necesario tener una cuenta de github y ser colaborador de este repositorio-wiki. Si quieres participar ponte en contacto con el administrador de la wiki y del cluster. La wiki esta en lenguaje Markdown el cual es muy sencillo de aprender. Para aprender más sobre como dominar Markdown revisa este tutorial.

Advertencias

Recuerda que el clúster es un sistema que depende de que los equipos que lo forman estén activos y en condiciones adecuadas.

⚠️Evita reiniciar, apagar o desmontar los equipos que se encuentre en el clúster.

⚠️De igual forma, siempre es buena práctica hacer Cerrar Sesión al terminar el día.

⚠️ A veces no funciona bien el cambio de usuario y podrías perder datos! Acostúmbrate a grabar tu progreso con alta frecuencia para evitar tristes pérdidas.

⚠️ Borra continuamente la papelera de reciclaje

⚠️ Si se presenta algún problema que no esté contemplado en este wiki por favor repórtalo al administrador del sistema.

Kit de supervivencia

• Aprende a buscar información

• Cluster. Aquí se explica cómo está organizado el cluster, como se utiliza y los errores más frecuentes que se presentan durante su uso.

• login

• /home: ¿Qué es y cómo se usa?. En esta sección se mencionan las mejores prácticas para el uso de home en un sistema NFS, el uso de la carpeta temporal, cómo se realiza el respaldo home y el respaldo de los datos en general.

• /misc: Donde guardar mis datos. Si bien /home guarda las configuraciones individuales de cada usuario, el respaldo de los datos (como las imágenes) debe realizarse en el directorio /misc con el fin de mejorar el uso del cluster.

• Bash. Bash que es un programa informático cuya función es interpretar ordenes. En la sección Basicos se encuentra la sintaxis más frecuente utilizada.

• permisos. Los permisos de lectura y escritura se deben de asignar tanto a carpetas como a archivos, ya que si los permisos no están debidamente asignados, puede derivar en un fallo en el procesamiento de la tarea por parte del cluster o en la falta de respaldo de los archivos.

• X2Go. Uso del programa X2Go para el acceso remoto al cluster, tanto desde adentro como afuera de la red del INB.

• Tutoriales básicos de manipulación y procesamiento de imágenes En esta sección se encuentran descritos los pasos para manipular los archivos de imagen (dicoms o niifti u otros). Aquí se describe como registrar, normalizar, transformar, reorientar, extraer, sumar, acoplar imágenes y más. Además de algunos enlaces a páginas interesantes.

• fMRI. Aprende a hacer análisis de resonancia funcional y algunas herramientas de fsl.

• Imágenes Pesadas a Difusión Asuntos relacionados a imágenes pesadas adifusión, su procesamiento y tractografía.

• Grosor Cortical Información acerca del procesamiento de imágenes para la obtención del grosor cortical y otras bondades de FreeSurfer

• Montar dropbox y similares con rclone

• FAQ, Trucos y Alertas Preguntas frecuentes. Apuntes sobre algunas tareas que a los usuarios les han costado trabajo y no quiere que se les olviden, y para que potencialmente les sean útiles a otros usuarios.

• Información adicional para el grupo BIOINFO.

Tutoriales Avanzados

1. Grosor Cortical, por rcruces.
2. Procesamiento DWI, por rcruces.

Enlaces externos

• Enlaces Interesantes con diversas herramientas.
• Histología. Links externos con diversas herramientas.