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Resonadores:Bruker

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Luis Concha edited this page Apr 11, 2023 · 12 revisions

Bruker Biospec 70/16

Para usar el resonador Bruker es necesario acreditar un proceso de certificación. Para ello es necesario contactar al Dr. Juan Ortiz.

Algunos datos sobre el resonador:

  • Bruker Biospec 70/16: 70 porque es un 7 Tesla, y 16 porque su túnel tiene 16 cm de diámetro.
  • El resonador tiene un magneto Pharmascan, sin embargo toda la electrónica y los gradientes son de un Biospec. Por lo tanto, el resonador es de facto un Biospec.

Almacenamiento de datos en el resonador

La consola del resonador tiene tres discos duros. Uno es del sistema operativo, y los otros dos son donde se guardan los datos. Estos son /mnt/pvDatasets2, y /mnt/pvDatasets3. Adentro de cada uno de ellos, existen carpetas para cada usuario (ejemplo nmrsu, grvite). Las carpetas están nombradas de acuerdo a la siguiente nomenclatura: YYYYMMDD_HHMMSS_StudyName

La transferencia de los datos se puede realizar en varios formatos:

  • Formato DICOM: En Paravision seleccionar los datasets que requieres, da clic derecho y elige convert to Dicom. Al finalizar te dará la ruta donde se guardaron, que es por default dentro del data set. Ahora tienes dos opciones: Los sacas directamente del resonador usando una USB, o los sacas usando /misc (ver adelante).
  • Formato NIFTI: Obten primero tus datos en DICOM y posteriormente conviértelos en tu máquina usando mrconvert de Mrtrix3, o dcm2niix.

En las computadoras del clúster, puedes acceder a tus datos en las rutas /misc/bruker_pvDatasets2 y /misc/bruker_pvDatasets3, que corresponden a /mnt/pvDatasets2 y /mnt/pvDatasets3, respectivamente.

Convertir datos del bruker

Si requieres convertir a .mif o .nii.gz sin pasar por DICOM tienes las siguientes maneras de hacerlo:

brkraw

Este convertidor salió en mayo-junio de 2020, y parece ser bastante maravilloso. Está hecho en python, así que usaremos anaconda:

conda activate brkraw
brkraw gui -i /misc/pvDatasets3/.... (carpeta del estudio).

(recordemos que cada quien instala su propia anaconda, instrucciones para ello por acá).

ℹ️ Puse un pequeño tutorial por acá

bruker2nifti

Este es un buen convertidor bruker2nifti

convert_bruker

Cómodo convertidor, parte de mrtrix. No es muy flexible para adquisiciones en sagital y axial, pero es muy bueno para extraer los gradientes de difusión.

El script inb_bruker_recursive_convert_mih.sh, que encapsula a convert_bruker, pero te permite convertir a .mih todo un estudio en unos segundos. Ves lo que hay, decides qué necesitas, y usas mrconvert para convertir a .mif o .nii.gz.

Tutoriales para el uso del resonador

Las siguientes páginas de la wiki incluyen algunos tutoriales para el uso básico del resonador.

Checklists para uso del resonador

Las siguientes ligas contienen algunos google docs con checklist útiles para el cambio de antenas y uso del resonador.

Tabla de contenidos

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